Rok 1995. FOXHOUND, jednostka do zadań specjalnych podlegająca pod CIA dostaje zlecenie. Zachodni wywiad doniósł, że w południowej Afryce, 200 kilometrów na północ od Galzburga, w pewnej bazie wojskowej znajduje się broń o niespotykanej dotąd sile rażenia. Baza owa, zwana Outer Heaven, została stworzona pod koniec lat '80 przez jednego z największych najemników w historii. Big Boss, pełniący stanowisko dowódcy FOXHOUND, były członek między innymi Zielonych Beretów i SASu, który swoim doświadczeniem i wyróżnieniami mógłby obdzielić kilkudziesięciu innych ludzi, wysyła do Afryki najlepszego ze swoich podwładnych, Gray Foxa. Jego misja, mająca kryptonim Intrude N312, polegać będzie na dostaniu się do twierdzy i zdobyciu informacji o rzeczywistym stanie zagrożenia. Jednak po kilku dniach od wyruszenia kontakt z Foxem zostaje zerwany, a ostatnia wiadomość którą wysyła brzmi: "Metal Gear...". Sytuacja jest poważna, wszak Gray Fox nie na darmo nosi rangę Fox, najwyższe odznaczenie w jednostce. Infiltracją Outer Heaven zajmie się teraz młody nowicjusz, noszący przydomek Solid Snake. Jego misja, kryptonim Intrude N313, polegająca na odbiciu Gray Foxa i zniszczeniu rzekomej broni, będzie dla niego chrztem bojowym w FOXHOUND.
Wszystko rozpoczyna się, gdy Snake drogą rzeczną dociera do bazy. Nie ma przy sobie nic, całe uzbrojenie i ekwipunek będzie musiał skompletować na własną rękę, co jednak w miejscu, w którym roi się od najemników, nie będzie takie trudne. Zdobywa też kolejne karty dostępu służące do otwierania drzwi, które stanowią główną przeszkodę w lawirowaniu po zakamarkach bazy. Misja ma oczywiście ściśle tajny charakter, tak więc dyskrecja jest więcej, niż wymagana. Big Boss będzie pozostawał ze Snakiem w stałym kontakcie za pośrednictwem nadajnika radiowego, udzielając mu wskazówek. Podczas swojej wędrówki po budynkach wchodzących w skład kompleksu Outer Heaven Snake spotka niejednego jeńca wojennego, który w zamian za uwolnienie podzieli się z nim różnymi informacjami. Dzięki nim Snake nawiąże kontakt z lokalnym ruchem oporu walczącym przeciwko Outer Heaven, a dokładniej z trzema osobami. Są to przywódca ruchu, Kyle Schneider, będący niegdyś architektem zmuszonym do pracy nad twierdzą, który po śmierci najbliższych został rebeliantem. Drugą osobą jest Diane, wokalistka positive punkowej grupy Thin Wall. Dziewczyna wie dużo o zamieszkujących fortecę najemnikach i ich słabych stronach. Ostatnia jest Jennifer, która niegdyś zinfiltrowała bazę jako członek ekipy medycznej, pragnąć dzięki temu uratować swojego brata, który wciąż jest tu więziony. Odtąd wszyscy będą wspierać Snake'a drogą radiową. Także dzięki jeńcom Snake zaraz na początku dowiaduje się, że Gray Fox rzeczywiście się tu znajduje i od paru dni jest przetrzymywany w pilnie strzeżonej celi, oraz że najlepszym sposobem na dostanie się do niego, będzie dobrowolne oddanie się w ręce strażników. Tak też czyni Snake i tym sposobem znajduje zaginionego kompana. Gray Fox potwierdza informacje o rzekomej broni masowego rażenia. Metal Gear TX-55 jest samobieżną, kroczącą maszyną wojenną, uzbrojoną w głowice nuklearne, które jest w stanie wystrzelić w dowolny cel z dowolnego miejsca na ziemi. Dzięki temu Outer Heaven miało stać się potęgą militarną. Jednak na szczęście broń ta wciąż nie została ukończona, a jedyny sposób na zniszczenie Metal Geara zna jego konstruktor, doktor Drago Pettrovich Madnar, który jest przetrzymywany gdzieś wewnątrz fortecy. Fox zostaje uwolniony, a Snake rozpoczyna poszukiwania naukowca, jednak najpierw musi odzyskać ekwipunek zabrany mu przez strażników. Na drodze staje mu Shotmaker, uzbrojony w shotguna były członek radzieckiego Specnaz. Snake jednak szybko się z nim rozprawia. Z ekwipunku wyrzuca pluskwę, którą umieścili tam strażnicy i kontynuuje poszukiwania.
Po drodze dowiaduje się od kolejnych jeńców, że doktor Pettrovich jest więziony na terenie przyległym do budynku w którym się znajdują i że jedyny sposób na dostanie się do niego, to skok z dachu na spadochronie. Jednak zanim będzie mógł to zrobić, musi zmierzyć się z kolejnym najemnikiem Outer Heaven: byłem członkiem brytyjskiego SASu, Machinegun Kidem, specjalistą od broni maszynowej. Oczywiście, jego los jest przesądzony. Po walce Snake dostaje się na dach, jednak i tam ktoś już na niego czeka. Na lądowisku dla helikopterów stoi Hind D - potężny śmigłowiec Mi-25, zwany przez sowieckich pilotów "latającym czołgiem". Snake rozprawia się z nim używając granatnika, po czym skacze z dachu na spadochronie i ląduje na odkrytym terenie. Po pewnym czasie, który Snake'owi uprzyjemniają między innymi dobermany, nasz bohater ratuje kolejnego jeńca. Dowiaduje się od niego, że doktor Pettrovich został niedawno przeniesiony do drugiego budynku, znajdującego się 10 kilometrów na północ. Snake nie ma innego wyboru, jak wyruszyć do owego miejsca przez usianą minami pustynię. Zanim tam dotrze, będzie miał jeszcze okazję sprawdzić się w walce z czołgiem, którego załatwi właśnie za pomocą min. Przed wejściem do budynku Snake zauważa kilku żołnierzy. Z podsłuchanej rozmowy wynika, że strażnicy budynku drugiego wiedzą, że do bazy wkradł się członek FOXHOUND. Otrzymują rozkaz, by za wszelką cenę nie wpuścić go do środka. Snake jednak dostaje się do wewnątrz przebrany z jednego ze strażników, którego mundur znalazł wcześniej. Po pewnym czasie i po walce z buldożerem dowiaduje się od uwolnionych więźniów, że doktor trzymany jest w podziemiach. Udaje się tam, jednak wpada w zasadzkę. Osoba przebrana za doktora mówi mu, że prawdziwy Pettrovich tak naprawdę znajduje się na drugim piętrze. W miejscu, w którym stoi Snake otwiera się zapadnia, jednak nie na Węża takie numery. Unika on pułapki, w którą wpada oszust. Niedługo potem Snake natyka się na kolejnego przeciwnika - uzbrojonego w miotacz ognia Fire Troopera, byłego antyterrorysty z niemieckiej jednostki GSG 9. Jak można się spodziewać, będą to jego ostatnie chwile życia.
Snake toruje sobie drogę przez kolejne pomieszczenia, pomagając sobie między innymi ładunkami wybuchowymi, unikając czujników laserowych i ulatniającego się w niektórych miejscach trującego gazu. Dociera w końcu do prawdziwego doktora Pettrovicha. Stawia on jednak jeden warunek, nie będzie rozmawiał o Metal Gearze, dopóki Snake nie uwolni córki naukowca, Elleny Madnar, która również jest tu przetrzymywana. Snake ponownie nie mając wyboru, zabiera się za poszukiwanie dziewczyny, którą znajduje w podziemiach pierwszego budynku. Uwalniając ją dowiaduje się, że jej porwanie zmusiło Pettrovicha do pracy dla Outer Heaven i stworzenia Metal Geara. Prosi Snake'a, aby pomógł jej ojcu. Po powrocie doktor jest już bardziej skory do rozmowy. Metal Gear znajduję się 100 pieter pod ziemią trzeciego budynku kompleksu, oddalonego o 20 kilometrów na północ. Madnar wyznaje Snake'owi sposób na zniszczenie Metal Geara. Miejscem, w którym pancerz mecha jest najcieńszy, są jego nogi. Da się go zniszczyć przyczepiając do nich odpowiednią ilość ładunków wybuchowych. Mając potrzebną wiedzę, Snake może wyruszyć na poszukiwania maszyny. Aby wydostać się z budynku numer dwa, Wąż będzie musiał unieszkodliwić Bloody Brad, dwa "cyberoidy" z serii TX-11, stworzone przez zmuszonego do pracy Pettrovicha. Po walce z użyciem zdalnie sterowanych rakiet, Snake opuszcza budynek, mimo że w kanałach wciąż są jeszcze miejsca, do których jednak z powodu braku sprzętu do nurkowania nie jest w stanie się dostać.
Drogę do trzeciego budynku również odgradza pustynia, tym razem zamieszkana przez jadowite skorpiony. Snake'owi przyda się więc antidotum na ewentualne ukąszenia i kompas, bez którego skazany byłby na błądzenie wśród piasków. Przed wejściem do budynku do Snake'a dzwoni Big Boss. Każe mu on sprawdzić jedną ze stojących nieopodal ciężarówek. Snake wsiada na naczepę, jednak nagle samochód rusza i zatrzymuje się dopiero przy pierwszym budynku. Czemu kazano mu to zrobić? No nic, trzeba będzie znowu pokonać całą drogę. W końcu, po długiej wędrówce, Snake staje przed trzecim budynkiem, jednak nagle zostaje zaatakowany przez kilku strażników. Wygląda na to, iż wiedzieli oni, że się tu zjawi. W czasie walki Big Boss dzwoni do Snake'a mówiąc mu, żeby uciekł do wskazanego przez niego pomieszczenia, jednak wewnątrz nie ma nic więcej, poza pułapką, której Snake unika. W końcu sam znajduje sposób na ucieknięcie przed strażnikami. Czyżby Big Boss już drugi raz popełnił błąd? A może to celowe działanie? Snake dociera do 100 poziomu podziemi fortecy, ale w tej chwili nie jest w stanie dostać sie dalej, potrzebuje ostatniej karty. Znajduje jednak butlę z tlenem, która pozwoli mu dostać się kanałami do ostatniego miejsca w budynku drugim, gdzie jeszcze nie był. Wraca tam więc z nadzieją na zdobycie poszukiwanej karty. Po drodze dzwoni do niego Schneider, oznajmiając, że odkrył kto jest dowódcą całego Outer Heaven, jednak nie zdąża tego wyjawić. W głośniku słychać jego krzyk i na tym kontakt się urywa.
Po kąpieli w kanałach Snake spotyka kolejnego oponenta, którym jest Dirty Duck, były przywódca terrorystycznej grupy Egg Plant. Walczy przy pomocy bumeranga, jednak jako osłonę wykorzystuje trzech związanych jeńców. W pewnym momencie dzwoni Jennifer i oznajmia Snake'owi, że jeden z tych ludzi to jej brat. Snake precyzyjnie zdejmuje przeciwnika, nie czyniąc krzywdy pojmanym. Brat Jennifer dziękuje za ratunek i mówi, że jeśli Snake będzie uciekał z Outer Heaven, powinien wybrać drabinę najbardziej po lewej. Mając to na uwadze, Snake podnosi ostatnią kartę dostępu i kontynuuje misję, mogąc udać się do miejsca, w którym trzymany jest Metal Gear. Zanim jednak do tego dojdzie, Snake uwalnia ostatniego jeńca i dowiaduje się, że legendarnym najemnikiem, a jednocześnie terrorystą i głównodowodzącym Outer Heaven jest... sam Big Boss, dowódca FOXHOUND. Więzień przestrzega Węża, by nie dał się nabrać na sztuczki oszusta. O wilku mowa, bowiem Big Boss wkrótce dzwoni i rozkazuje Snake'owi natychmiastowe przerwanie misji. Oczywiście, rozkaz nie zostanie wykonany. Ostatecznie Snake dociera do celu swojej podróży. Metal Gear stoi przed nim w całej okazałości, w hangarze 100 pięter pod powierzchnią ziemi. Nie jest na chodzie, ale strzegą go lasery. Snake unikając ich podkłada ładunki w odpowiednich miejscach i w ten sposób unicestwia maszynę. Powoduje to uruchomienie systemów obronnych Outer Heaven i rozpoczęcie odliczania, zanim dojdzie do samozniszczenia całej bazy. Mając niewiele czasu, Snake czym prędzej zaczyna uciekać. Jednak drogę zagradza mu sprawca całego zamieszania. Nasz bohater staje oko w oko z Big Bossem, który wyjawia mu, że całe ta akcja miała za zadanie wprowadzenie reszty świata. Snake miał zostać złapany, a USA miało otrzymać fałszywe informacje odnośnie tego, co znajduje się w Outer Heaven. Jednak Big Boss nie docenił Snake'a. Nie spodziewał się, że zajdzie on tak daleko. Nawet próby zmylenia go nie poskutkowały. Wielkie ambicje Big Bossa o stworzeniu narodu trzęsącego całym światem legły w gruzach. Teraz ma okazję się za to odpłacić. Po chwili dzwoni Diane, która chce coś wyznać Snake'owi, ale w ostatniej chwili rozmyśla się. Dochodzi to zaciętego pojedynku, który ostatecznie wygrywa Snake. Zegar wciąż tyka, więc niewiele się zastanawiając, Snake zapala jednego ze swoich ulubionych papierosów i zaczyna się ewakuować. Z trzech dostępnych drabin wybiera tę po lewej i dzięki temu wydostaje się na powierzchnię. Następuje seria wybuchów i Outer Heaven staje się historią. Snake dzwoni na częstotliwość Big Bossa i melduje wykonanie zadanie. Nie otrzymuje żadnej odpowiedzi. Następnie przestraja odbiornik na fale lokalnego radia KNK, w którym właśnie nadawane są wiadomości. Mówią w nich, że w rejonie Galzburga odnotowano silne trzęsienie ziemi.
Misja zakończona sukcesem. Pojawiają się napisy końcowe, po których jednak jest coś jeszcze. Pewna wiadomość...
- Słyszysz mnie, Snake...? Nie zginąłem... Pewnego dnia cię dopadnę... Jeszcze się spotkamy!
Pod koniec lat '90 sytuacja na świecie zaczyna się stabilizować. Stosunki między oboma mocarstwami Zimnej Wojny ociepliły się, wiele lokalnych konfliktów zostało zażegnanych, a groźba wojny nuklearnej staje się częścią przeszłości. Ale nie wszyscy pragną pokoju... Na terenach Środkowego Wschodu wyraźnie da się odczuć gęstniejącą atmosferę. W Zanzibar Land, małym kraju graniczącym z Chinami i Rosją, wojsko dochodzi do władzy. Atakując i okradając składowiska głowic atomowych innych krajów szybko stają się potęgą nuklearną i zaczynają najeżdżać sąsiednie państwa.
Pojawia się jeszcze jeden problem. Zapasy ropy naftowej, które obliczano na wystarczające na 30 kolejnych lat, okazują się być na wykończeniu. Bez odpowiedniego źródła energii alternatywnej świat staje nad przepaścią kryzysu energetycznego. Jednak pojawia się iskierka nadziei. Czeski biolog, doktor Kio Marv, tworzy OILIX, nowy gatunek mikroorganizmu, zdolny do syntezy wysokiej jakości ropy. Jednak w drodze na amerykańską konferencję naukową doktor Marv zostaje porwany przez Zanzibar Land, który dzięki zdobytej tajemnicy i posiadanej broni nuklearnej ma ambicje stać się największą siłą militarną świata.
Rok 1999, cztery lata po wydarzeniach z Outer Heaven. Solid Snake przybywa do Zanzibar Land. Po wykonaniu ostatniej misji dla FOXHOUND opuścił jednostkę i jeszcze przez pół roku pracował dla CIA, po czym zamieszkał w kanadyjskiej dziczy. Po trzech latach zostaje jednak ściągnięty z powrotem do FOXHOUND.
- Tu Snake, jestem na miejscu - melduje przez radio nasz bohater.
- Jak zawsze punktualny, Snake - odpowiada pułkownik Roy Campbell, nowy dowódca FOXHOUND, który z wiadomych przyczyn zastąpił Big Bossa.
Nowa misja Snake'a, nosząca kryptonim Intrude F014, polega na infiltracji Zanzibar Land i odbiciu porwanego doktora Marva. Naukowiec ma w zębie nadajnik, dzięki któremu będzie widoczny na nowym radarze Snake'a. Pułkownik podaje następnie częstotliwości, pod którymi dostępni będą nowi sojusznicy - McDonnell "Master" Miller, trener i nauczyciel Snake'a, oraz George Kasler, członek FOXHOUND, były najemnik walczący dla Zanzibar Land, posiadający ogromną wiedzę o wszystkich, największych najemnikach świata. Będą oni odtąd wspierać Snake poprzez radio.
Wąż rozpoczyna swoją misję, stojąc na granicy kompleksu Zanzibar. Szybko dostaje się do budynku, w którym ma znajdować się doktor Marv i rozpoczyna poszukiwania. Po chwili dzwoni do niego dziewczyna, przedstawiająca się jako Holly White, która udając amerykańską dziennikarkę miesiąc temu dostała się do Zanzibar Land. Będzie pomagać Snake'owi jako przewodniczka.
Niedługo później na radarze Snake'a pojawia się czerwona kropka, świadcząca o obecności naukowca. Wchodzi do pomieszczenia i nawiązuje kontakt.
- Głupcy z FOXHOUND! - śmieje się Marv. - Kto by pomyślał, że użyjecie takiej prostej sztuczki z nadajnikiem.
Okazuje się, że to nie doktor, tylko podszywający się pod niego najemnik, który przedstawia się jako Black Ninja, były członek oddziałów specjalnych podlegających pod NASA. Po chwili dochodzi do walki, w której przeciwnik Snake'a korzysta z shurikenów i sztuki teleportacji, jednak na niewiele mu się zdaje w pojedynku z Wężem, który wygrywa. Przed śmiercią Ninja wyjawia Snake'owi sekret. Okazuje się, że to tak naprawdę Kyle Schneider, przywódca ruchu oporu z Outer Heaven. Kyle opowiada Snake'owi o tym, jak po zniszczeniu Metal Geara NATO zbombardowało cały teren twierdzy. Nie przejmowano się nikim, śmierć poniosło wielu członków ruchu oporu, w tym także wiele dzieci mieszkających w Outer Heaven. NATO nie miało zamiaru zajmować się takim ciężarem. Snake jest zszokowany, nie miał pojęcia o tym wszystkim. Schneider mówi dalej, że wtedy pewien człowiek go uratował, wybaczył mu i dał mu nowy dom. Nie mówi jednak kto to, chce, żeby Snake sam się tego dowiedział. Mówi też, że nie czuje nienawiści do Snake'a i wyznaje mu sposób na dostanie się do doktora Marva - trzeba iść za strażnikiem w zielonym berecie, który zna drogę przez las. To jego ostatnie słowa.
Tak też robi Snake, odszukuje strażnika i śledząc go dostaje się do celi, w której ma być trzymany Marv. Jednak w środku jest ktoś zupełnie inny - doktor Drago Pettrovich Madnar. Okazuje się, że Marv został niedawno przeniesiony do drugiego budynku, parę kilometrów na północ. Jednak po chwili Madnar wyznaje Snake'owi coś o wiele gorszego. Zanzibar Land pracuje nad nowym Metal Gearem. Dlatego trzymają tu Pettrovicha. Model zniszczony w Outer Heaven był jedynie prototypem, nowy Metal Gear D jest o wiele potężniejszy, w dodatku trwają prace nad lżejszą wersją, zdatną do masowej produkcji. To z pomocą Metal Geara Zanzibar Land wszedł w posiadanie wszystkich głowic nuklearnych świata. A za całą tą sprawą stoi nie kto inny, jak sam Big Boss. Żołnierze Zanzibar Land będą starali się siłą wyciągnąć z Marva tajemnice OILIXa, tak więc Snake musi się śpieszyć, bo jeśli Marv będzie torturowany, to przy jego stanie zdrowia długo nie wytrzyma. Snake dowiaduje się o pewnej agentce STB, dzięki której doktor ma wszczepiony nadajnik, oraz otrzymuje numer częstotliwości radiowej do Johana Jacobsena, wybitnego znawcy fauny i flory, po czym odchodzi.
Po drodze do drugiego budynku wychodzi na otwarty, piaszczysty teren i w tej chwili ktoś do niego dzwoni. Rozmówca przedstawia się jako jego największy fan i ostrzega go, że teren na którym się znajduje jest zaminowany. Snake ostrożnie podąża dalej i dociera do pasa startowego, gdzie spotyka swojego starego znajomego. Z lądowiska właśnie startuje Hind D. Jednak Snake nie będzie w stanie nic zrobić, jeśli nie zdobędzie broni, którą może walczyć ze śmigłowcem. Holly radzi mu, by sprawdził zbrojownię znajdującą się niedaleko. Przedzierając się przez bagna Snake dociera do budynku, w którym spotyka kolejnego przeciwnika. Running Man, były sportowiec, sprinter biorący udział w Olimpiadzie w Barcelonie w 1992, wygrywający z niesamowitym wynikiem 9.69 sekundy bieg na 100 metrów. Został jednak później zdyskwalifikowany za doping i dołączył do jednej z europejskich organizacji terrorystycznych. Running Man zaczyna uciekać, a w pomieszczeniu ulatnia się gaz. Snake'owi powietrza nie starczy na zbyt długo, a nie ma szansy dogonić przeciwnika, tak więc rozstawia w paru miejscach miny, by wpędzić go w pułapkę. Dzięki temu wygrywa. Gaz przestaje się ulatniać, tak że Snake może na spokojnie kontynuować poszukiwania i w końcu znajduje broń. Nasz bohater uzbrojony w wyrzutnię rakiet Stinger zestrzeliwuje helikopter i kontynuuje misję, docierając do wieży.
Do wewnątrz Snake dostaje się w sposób, który opanował do perfekcji ;) Chowając się pod kartonowym pudłem, korzysta z okazji, by razem z towarami rozładowywanymi z ciężarówki wjechać na taśmie do budynku. Nagle dzwoni Holly mówiąc, że odkryli jej tożsamość i jest teraz w więzieniu. Właśnie miała dotrzeć do doktora Marva, gdy ją złapali. Mniej więcej stara się opisać swoje położenie, dzięki czemu Snake po pewnym czasie odnajduje ją i uwalnia. Tutaj pierwszy raz daje o sobie znać jego natura podrywacza :) Holly mówi, że nie udało jej się spotkać z Marvem, ale wysłał on gołębia z wiadomością. Powinien w tej chwili latać wokół dachu. Strażnicy też go szukają, tak więc Snake musi się śpieszyć. Holly odchodzi kontynuować swoje zadania, ale umawia się ze Snakiem, że jeśli przeżyją, to jeszcze się spotkają.
W czasie swojej misji w Zanzibar Land Snake spotyka bardzo dużo dzieci przechadzających się w różnych miejscach. Są to ofiary wojen, sieroty, które straciły swoje rodziny. Udzielają mu one wielu pomocnych informacji, bez których Snake skazany byłby na błądzenie po bazie. Wypowiadają się też o Big Bossie jak o dobrym wujku, czy nawet ojcu, który się nimi opiekuje i nie ufa dorosłym.
W drodze na dach, na 30 piętrze Snake spotyka kolejnego przeciwnika. To Red Blaster, elitarny zabójca z zamiłowaniem do wysadzania wszystkiego w powietrze. Chowając się w niedostępnym dla Snake'a miejscu obrzuca go granatami, jednak ten odwdzięcza mu się tym samym i w ten sposób zwycięża i w końcu dostaje się na dach. Tam zauważa latającego w kółko, białego gołębia. Jacobson przez radio opowiada mu o tym gatunku, oraz o sposobie na jego złapanie. Jeden z rodzajów racji żywnościowych, które można znaleźć w bazie zawiera składniki, które mogą przyciągnąć gołębia. Snake wykorzystuje to i łapie ptaka, po czym odczepia od jego nóżki kartkę z wiadomością. Jej treść brzmi: POMOCY! WIS.OhIO KIO MARV. Master Miller pomaga mu ją rozczytać. Okazuje się, że w treści ukryty jest numer częstotliwości, który został zapisany od tyłu i do góry nogami - 140.51. Snake dzięki niemu nawiązuje kontakt z Marvem, jednak nie jest w stanie niczego zrozumie, ponieważ doktor mówi jedynie po czesku. Snake dzwoni z tym problemem do Madnara, jednak i on nie zna czeskiego, ale za to wie, kto umie porozumiewać się w tym języku. To wspomniana wcześniej agentka STB, Gustava. Gdy razem z Madnarem zostali porwani, ukradła uniform strażnika i teraz ukrywa się gdzieś w pierwszym budynku. Snake nie ma innego wyboru, jak tam wrócić.
Snake dostaje się do piętra, na którym znajdują się kwatery żołnierzy Zanzibar Land i przyczaja się przy damskiej toalecie. Po chwili wchodzi do niej jeden ze strażników, a za nim Snake. Jak się domyślał, to kobieta w męskim przebraniu, która przedstawia się jako Gustava Heffner. Nasz bohater ma wrażenie, że gdzieś ją już kiedyś widział. Jest pewien, że była Lodową Księżniczką na Zimowych Igrzyskach Olimpijskich w Calgary w 1988, na których zdobyła złoto w jeździe na łyżwach. Rozdrażniona Gustava mówi, że Snake musi ją z kimś mylić i nalega, by przeszli do konkretów i zajęli się znalezieniem sposobu na odbicie doktora Marva. Wąż mówi, że skontaktował się z nim, jednak nie był w stanie niczego się dowiedzieć. Przekazuje Gustavie radio, by sama mogła porozmawiać z doktorem. Z rozmowy wynika, że Marv jest bezpieczny i że jego więzienie jest po drugiej stronie przepaści na północ od drugiego budynku. Gustava oznajmia, że zna skrót przez kanały. Po drodze docierają do celi Madnara i uwalniają go. Razem postanawiają uratować Marva.
W czasie długiej drogi przez kanały doktor Madnar w pewnej chwili oświadcza, że musi na chwilę pójść za potrzebą. Daje to okazje Snake'owi i Gustavie porozmawiać. Gustava zwierza się, że gdy była mała, jej matka opowiadała jej o drugiej wojnie światowej, o tym, jak w czasie Powstania Warszawskiego całe dnie spędzała w kanałach, uciekając przed Nazistami. Mówi, że podobnie jak jej matka, ona również jest wciąż prześladowana przez wojnę. Gustava przestała jeździć na łyżwach przez sam lód, a dokładniej przez chłód który mu towarzyszył i który ją ogarniał. Wyznaje też, że jej największa miłością był Amerykanin o nazwisku Frank Hunter. Był przystojny, inteligentny, dobrze wychowany, ale zawsze zdawał się czegoś obawiać. Gustava była gotowa zrobić dla niego wszystko, nawet opuścić kraj, jednak z pewnych politycznych powodów, których sama nie rozumie, nie dostała na to zezwolenia. Później wstąpiła do STB i już nigdy nie spotkała się z Hunterem. Rozmowę kończy powrót Madnara.
Kontynuują wędrówkę i w końcu opuszczają kanały, wydostając się na powierzchnię. Muszą teraz przekroczyć most nad rozpadliną, o której wspominał Marv, ale muszą to robić pojedynczo, gdyż most ów jest zbyt wąski. Pierwszy idzie Madnar, druga Gustava. Wtedy w most uderza rakieta, niszcząc go i odrzucając Gustavę do tyłu. Gustava umierając na rękach Snake'a, mówiąc mu, że nigdy nie potrafiła odnaleźć się w prawdziwym życiu. Snake prosi ją, żeby się nie poddawała, ale Gustava mówi, że na nią jest już za późno. Wąż odpowiada jej, że chciałby zobaczyć, jak znów jeździ na łyżwach. Gustava dziękuje mu, oddaje swoją broszkę z symbolem Zanzibar Land i odchodzi, ostatnim tchnieniem wypowiadając imię "Frank".
Po drugiej stronie przepaście Madnar zostaje zabrany przez strażników, a po chwili pojawia się Metal Gear. Ku ogromnemu zaskoczeniu i złości Snake'a, okazuje się, że kieruje nim Gray Fox, który triumfalnie oznajmia, że zabiera Madnara ze sobą. Robi Snake'owi przysługę, pozwalając mu odejść, ale Snake odpowiada, że tak łatwo nie uda mu się go pozbyć. Gray Fox odchodzi.
Snake musi teraz znaleźć sposób na przedostanie się przez zniszczony most. Od Holly dowiaduje się, że może znaleźć lotnię w pierwszym budynku, dzięki której być może uda mu się poszybować nad rozpadliną. W czasie wędrówki po korytarzach bazy dowiaduje się od dzieci czegoś o broszce. Okazuje się, że zmienia ona kształt zależnie od temperatury otoczenia. Snake wchodzi więc do sauny znajdującej się na poziomie z kwaterami żołnierzy i broszka zamienia się w klucz do szafki znajdującej się w szatni. Wewnątrz jest kaseta magnetofonowa, a na niej nagrany hymn Zanzibar Land. Żołnierze znajdujący się w bazie są tak wyuczeni, że nieważne co by się działo, zawsze gdy słyszą hymn, muszą stać na baczność. Dzięki temu Snake omija oddział zagradzający mu drogę i zdobywa lotnię.
Mając nowy środek transportu Snake udaje się na dach drugiego budynku. Wsiada do windy i po pewnym czasie dzwoni do niego Gray Fox. Fox jest zawiedziony tym, że Snake nie posłuchał jego rady i nie opuścił Zanzibar Land. Nasyła na niego oddział zabójców, Four Horsemen, elitarną grupę likwidującą tylko najważniejsze cele. Są to byli członkowie UDT, GSG 9 i SASu. Snake pokonuje ich, w zaciętej walce, jednak na skutek tego winda odmawia dalszej jazdy. Nasz bohater będzie więc zmuszony zrobić sobie długą wycieczkę po schodach i w ten sposób dostaje się na dach. Na górze do Snake'a dzwoni jego tajemniczy fan mówiąc mu, że może wykonać skok tylko wtedy, gdy wiatr wieje z południa. Snake sprawdza to używając granatów gazowych i w odpowiedniej chwili skacze, lądując za zniszczonym mostem.
Po wędrówce wśród nowego kompleksu zabudowań Snake dociera do bramy, w której rolę przeszkody pełnią lasery. Nie jest w stanie dostać się do środka, więc przeszukuje pobliskie tereny. Natyka się przez to na kolejnego przeciwnika, Jungle Evil. Specjalista od ataku z zaskoczenia i zasadzek korzysta z zasłony, jaką daje mu zborze rosnące wokół, jednak nie pozwoli mu to umknąć przed czujnym okiem Snake'a, który go pokonuje. Po walce, z pobliskiego budynku Snake zabiera dwa jajka. Z jednego pe pewnym czasie wykluwa się wąż, który zaczyna łapczywie zjadać racje żywnościowe w ekwipunku Snake'a, tak gad zostaje wyrzucony. Z drugiego jajka wykluwa się zanzibarska leśna sowa. Sowy te pohukują zawsze zaraz po zmierzchu, a mieszkańcy okolicznych ziemi zwykli polegać na nich bardziej niż na zegarkach. Snake używa więc sowy, dzięki czemu strażnik pilnujący wcześniejszej bramy, myśląc, że zbliża się noc, wyłącza laserowe zabezpieczenie, dzięki czemu Snake dostaje się do środka.
Po drodze spotyka Night Fright, ostatniego żyjącego członka Whispers, legendarnej jednostki partyzanckiej. Jest mistrzem kamuflażu tak wybitnym, ze jeszcze nikt go nigdy nie widział. Jednak to nie stanowi większego problemu dla Węża. Być może nie widzi swojego przeciwnika, ale doskonale słyszy jego kroki i dzięki temu jest w stanie go pokonać.
W końcu Snake znajduje celę, w której trzymany jest Marv. Wewnątrz jest także doktor Madnar, który oznajmia, że niestety, ale Marv już nie żyje. Jego serce nie wytrzymało ciągłych tortur, którym był poddawany. Madnar mówi, że mimo wszystko Marv zostawił kopię swoich danych o OILIXie wewnątrz kartridża do MSXa, jako że był wielkim fanem gier video. Owy kartridż jest zamknięty w szafce, której Madnar nie jest jednak w stanie otworzyć. Nagle dzwoni Holly i mówi, że sprawdziła dane o Madnarze, bo wydawał się jej podejrzany. Po wydarzeniach z Outer Heaven świat nauki odwrócił się od niego, nazywając go szaleńcem z powodu dość radykalnych teorii, które głosił. Został zapomniany w swoim środowisku. Madnar za wszelką cenę chciał się odegrać. Wtedy Zanzibar Land zaproponował mu zostanie podwójnym agentem. Dzięki swojemu statusowi naukowca mógł potajemnie przekazywać różne technologiczne sekrety Wschodu i Zachodu do Zanzibar Land. Tym samym osobiście przyczynił się do porwania doktora Marva. Madnar przyznaje się do tego wszystkiego. Mówi, że jego marzeniem było ukończenie Metal Geara, to byłaby kulminacja jego życia jako naukowca robotyki. Przekazywał informacje Zanzibarowi, a ci wspierali go w ulepszaniu jego tworu. Madnar przyznaje się również do zabicia Marva, bo żadnym sposobem nie był w stanie wyciągnąć z niego informacji o OILIXie. Mówi też, że to on spowodował śmierć Gustavy, kontaktując się z Foxem w kanałach, kiedy robili przerwę. Wie, że Gustava dała Snake'owi klucz i zamierza go odebrać. Rzuca się na Snake'a i zaczyna go dusić. Snake nie ma innego wyboru, jak zabić ogarniętego szaleństwem naukowca. Madnar bez tchu pada na ziemię.
Snake, jeśli chce dostać się do szafki, musi teraz znaleźć sposób na ponowną zmianę kształtu broszki. W pierwszym budynku, w kuchni przy kwaterach mieszkalnych była chłodnia, w które panująca temperatura będzie wystarczająca, by przemienić broszkę w klucz. Aby przyspieszyć powrót do pierwszego budynku, ponownie udaje karton i zakrada się do jednej z ciężarówek, która zawozi go bezpośrednio do jego celu. Snake dostaje się do chłodni, gdzie broszka zamienia się w nowy klucz. Również z pomocą ciężarówek Snake wraca do celi Marva. Otwiera szafkę i zabiera kartridż. Madnar na chwile odzyskuje przytomność i ostatnim tchnieniem wyznaje Snake'owi sposób na zniszczenie Meta Geara. Ponownie pancerz jest najcieńszy na jego nogach. Mówi, że robi to dla swojej córki Ellen i zaraz po tym pod nogami Snake'a otwiera się zapadnia. Nasz bohater znajduje się teraz w zupełnie nowym pomieszczeniu, jednak nie jest sam. Przed sobą widzi Metal Geara, w którego kokpicie zasiada Gray Fox. Rozpoczyna się walka, w której Snake zgodnie ze wskazówkami Madnara, atakuje nogi mecha za pomocą granatów. Po pewnym czasie Metal Gear wybucha, jednak od ognia zapala się ekwipunek Snake'a, który czym prędzej zostaje wyrzucony. Następnie nasz bohater staje twarzą w twarz z Gray Foxem w pomieszczeniu wypełnionym minami. Przed walką Snake dowiaduję się od Kaslera pewnych rzeczy o swoim rywalu. Gray Fox, którego prawdziwe nazwisko brzmi Frank Jaeger, to pięciokrotnie odznaczony, były członek FOXHOUND. Za czasów Big Bossa jedynie on otrzymał rangę Fox, najwyższą możliwą w jednostce. Był wzorem dla swoich towarzyszy. Dziesięć lat temu Frank w społeczności najemników znany był pod nazwiskiem Hunter. Jaeger po niemiecku oznacza właśnie łowcę. W tym okresie związany był z kobietą ze wschodniego bloku komunistycznego. Chciał zabrać ją do Ameryki, jednak wciąż odmawiano przyznania wizy. Wtedy właśnie Frank zwrócił się przeciwko rządowi. Ową kobietą była olimpijska łyżwiarka, Gustava Heffner.
Rozpoczyna się pojedynek na pięści, który ostatecznie wygrywa Snake. Umierający Gray Fox mówi mu, że właśnie nadszedł czas, by oddać tytuł Fox komuś innemu. Frank zaczyna opowiadać Snake'owi, jak wiele zawdzięcza Big Bossowi, który dwukrotnie uratował mu życie, raz przed zesłaniem do obozu koncentracyjnego w Wietnamie, gdzie po wojnie trafiali wszyscy mieszańcy i ponownie w czasie tortur w Mozambiku. Fox mówi, że nienawidzi wojny, ale nie może bez niej żyć. Wojna to jedyny świat, w którym może normalnie funkcjonować. Potrzebuje jej, by przetrwać. Wychodzi na jaw to, że to Fox był osobą podającą się za fana Snake'a. Fox mówi Snake'owi, by walczył dzielnie, a ten odpowiada mu, że po drugiej stronie czeka na niego Gustava. Frank dziękując mu umiera.
Po walce Snake wychodzi z pokoju i słyszy, że ktoś go woła. Wchodzi do kolejnego pomieszczenia i staje przed Big Bossem. Big Boss przeżył wydarzenia w Outer Heaven. Był poważnie ranny, stracił obie ręce, obie stopy, prawe oko i ucho, ale mimo to jakimś cudem przeżył. Wtedy Wschód ściągnął go do siebie i poddał projektowi Snatcher kierowanemu przez Madnara, czego skutkiem była cyborgizacja ciała Big Bossa. Legendarny najemnik jest wyraźnie uradowany tym spotkaniem. Snake mówi mu że przybył, by pozbyć się koszmarów które dręczą go od czasów Outer Heaven. Wdają się w rozmowę. Jego dawny przełożony opowiada mu o dzieciach, których pełno jest w Zanzibar Land. Wszystkie są ofiarami wojny, sierotami, które w jej wyniku straciły najbliższych. Teraz zostaną wyszkolone na żołnierzy, by to one same zabijały podczas kolejnych bitew. Człowiek rozpoczyna wojnę, wojna tworzy ofiary, człowiek udziela im pomocy, szkoli je i robi z nich żołnierzy. W ten sposób wojna nigdy się nie kończy, tak działa system Big Bossa. Big Boss tłumaczy Snake'owi, że wojna jest przeznaczeniem ich obu. Tylko na polu bitwy coś znaczą. Snake odpowiada mu, że kocha życie i że nie jest taki sam, jak on. Big Boss drwi z niego, że nie będzie w stanie pokonać go bez broni. Wąż odpowiada mu słowami, które sam wielokrotnie słyszał z jego ust. Nigdy się nie poddawaj, walcz do końca, wierz, że uda ci się osiągnąć sukces nawet wtedy, gdy wszystko obraca się przeciwko tobie. Big Boss odpowiada mu, że widocznie nawet on popełnia błędy, po czym dochodzi do walki. Snake bez ekwipunku musi improwizować. W sąsiednich pomieszczeniach znajduje zapalniczkę i lakier w sprayu, i tworząc mały miotach ognia, po długiej walce zabija Big Bossa.
Snake opuszcza budynek i po chwili spotyka Holly. Na pytanie co tu robi odpowiada, że dotrzymała danego słowa. Przeżyła, tak że teraz mogli się znowu spotkać. Daje mu broń którą zdobyła i razem uciekają. Snake dzwoni do pilota by zorganizować transport. Docierają do umówionego punktu, jednak śmigłowiec się spóźnia. Snake i Holly zostają okrążeni przez strażników i wdają się w strzelaninę, ale w ostatniej chwili pojawia się śmigłowiec i częstując wrogów ołowiem. Pilot dostaje ochrzan od Snake'a, ale już po chwili cała trójka w dobrym nastroju opuszcza ziemie Zanzibar Land, a helikopter znika na tle zachodzącego słońca. Ponownie misja została zakończona.
Pojawiają się napisy końcowe, jednak jak w poprzedniej części, to nie koniec. Po napisach następuje dialog między Campbellem, Holly i Snakiem. Snake oznajmia, że odchodzi z FOXHOUND, po czym udowadnia, że kartridż doktora Marva jest rzeczywiście tym, który zawiera informacje o OILIX. Świadczy o tym podpis doktora ukryty na ekranie wczytywania się gry. Podekscytowani tym faktem Campbell i Molly nie zauważają, jak nasz bohater ich opuszcza i wszelki słuch po nim ginie.
Rok 2005, sześć lat po wydarzeniach z Zanzibar Land.
- Długo się nie widzieliśmy, Snake.
- Powinienem się domyślać, że to pan za tym stoi, Pułkowniku.
Snake rozebrany do naga siedzi w chłodnej kabinie statku płynącego gdzieś po morzu Beringa. Pułkownik Campbell bez zbędnych formalności przechodzi do sedna sprawy. U wybrzeży Alaski znajduje się łańcuch wysp znany jako Archipelag Fox. Na jednej z tych wysp, Shadow Moses, mieści się ściśle tajna baza wojskowa, która pełni role magazynu głowic nuklearnych. W czasie ćwiczeń, które miały tam miejsce, i w których udział brały organizacje ArmsTech, jeden z największych producentów broni, oraz DARPA, wchodząca w skład departamentu obrony Stanów Zjednoczonych agencja projektów badawczych, doszło do ataku terrorystycznego. Odziałem żołnierzy, zwanym Next-Generation Special Forces, dowodzili członkowie FOXHOUND. Szefowie obu wspomnianych organizacji zostali wzięci za zakładników, a Waszyngtonowi zostały przekazane żądania. Terroryści chcą odzyskać szczątki największego najemnika XX wieku, Big Bossa. Dają 24 godziny na ich dostarczenie, w przeciwnym wypadku użyją broni nuklearnej. W związku z tym ministerstwo obrony wezwało byłego dowódcę FOXHOUND, Roya Cambella, by zajął się sprawą. On z kolej posłał oddział żołnierzy po jedynego człowieka, który może mu pomóc. W ten sposób Solid Snake został siłą zabrany ze swojego domu i postawiony przed Pułkownikiem. Jego misja składać się będzie z dwóch zadań. Pierwszym jest odbicie szefów DARPA i ArmsTech, Donalda Andersona i Kennetha Bakera. Drugie polegać ma na infiltracji bazy i sprawdzeniu, czy terroryści rzeczywiście są w stanie dokonać ataku oraz powstrzymaniu ich, jeżeli zagrożenie okaże się prawdziwe.
- Jakieś pytania, Snake?
- Pytania? Nie powiedziałem nawet czy zgadzam się na udział w tej misji.
Snake nie kryje swojego niezadowolenia. Opuścił FOXHOUND zaraz po misji w Zanzibar Land. Od tamtego czasu mieszkał na Alasce w otoczeniu pięćdziesiątki swoich psów, z którymi brał udział w wyścigach psich zaprzęgów. Snake'owi zostaje również przedstawiona doktor Naomi Hunter, szefowa sztabu medycznego FOXHOUND, która na przywitanie podaje mu zastrzyk.
- To mieszanka nanomaszyn i peptydów, które zapobiegną zamarznięciu twojej krwi i płynów organicznych. Nanomaszyny będą zaopatrywać organizm w adrenalinę, kalorie i cukry. Z kolei leki nootropowe i benzedryna poprawią funkcjonalność twojego mózgu i utrzymają go w pełnym skupieniu przez najbliższe dwanaście godzin.
Naomi opowiada następnie Snake'owi o tak zwanej terapii genowej, której zostali poddani członkowie Next-Generation Special Forces. Z dzisiejszym poziomem wiedzy z dziedziny genetyki możliwe jest usunięcie z ludzkiego DNA genów odpowiedzialnych za powstawanie chorób i innych ułomności, przy jednoczesnym wszczepienie genów odpowiadających za, na przykład, wysoko rozwinięte zdolności bojowe. Snake jest zaskoczony istnieniem takich genów. Okazuje się, że za skuteczność żołnierza w o wiele większym stopniu odpowiadają jego uwarunkowania genetyczne, niż doświadczenie i nabyte umiejętności. Po wydarzeniach z Zanzibar Land ciało Big Bossa, mimo, że poważnie poparzone, zostało znalezione przez wojsko USA. Do tej pory udało się z niego wydobyć 60 "żołnierskich" genów. Terroryści chcą wejść w ich posiadanie, dlatego żądają szczątków, do czego pod żadnym warunkiem nie można dopuścić. Campbell przedstawia Snake'owi byłych członków FOXHOUND, którzy dowodzą całą akcją. Są to Psycho Mantis - człowiek posiadający niespotykane umiejętności psychiczne, Sniper Wolf - strzelec wyborowy, zdolny całymi dniami czekać na swoją ofiarę, Decoy Octopus - agent potrafiący podszyć się pod dowolna osobę, Vulcan Raven - potężnie zbudowany szaman z Alaski, oraz Revolver Ocelot - specjalista od przesłuchiwania i znakomity rewolwerowiec. A przewodzi im Liquid Snake. Solid jest zszokowany widząc jego zdjęcie. Pomijając lekką różnice w kolorze skóry, jego twarz wygląda jak jego własna.
- Mam brata bliźniaka?
- Nie znam szczegółów, ale na to wygląda. Dlatego musisz wziąć udział w tej misji.
Snake pyta Pułkownika, dlaczego, skoro przeszedł na emeryturę, podjął się objęcia stanowiska dowódcy tej operacji. Okazuje się, że w bazie znajduje się jego bratanica Meryl. Jest córką jego brata, który zginął w czasie wojny w Zatoce Perskiej i od tamtej pory dziewczyna znajdowała się pod opieką Campbella. Ostatecznie Snake zgadza się wziąć udział w misji, ale pod pewnymi warunkami. Po pierwsze, żadnych tajemnic - chce wiedzieć wszystko na temat całej sytuacji, a po drugie, nie będzie przyjmował rozkazów od nikogo poza Campbellem.
Snake drogą morską dostaje się w okolicę wyspy Shadow Moses. Zostaje wystrzelony jednoosobowym SDV z łodzi podwodnej i wpław dociera do podziemnego wejścia na teren bazy.
- Tu Snake. Pułkowniku, czy mnie słyszysz?
- Głośno i wyraźnie, Snake - odpowiada mu Roy Campbell.
Snake melduje przybycie na miejsce. Windą dostaje się na powierzchnię i po chwili przed jego oczami pojawia się dobrze znany muwidok. Z lądowiska dla helikopterów startuje Hind D, jednak tym razem Snake nie musi się z nim mierzyć. Śmigłowiec leci na spotkanie dwóm myśliwcom F16, które zostały wysłane przez Amerykanów z misją dywersyjną. Kieruje nim przywódca terrorystów, Liquid Snake. Następnie Campbell przedstawia Snake'owi kolejnego członka zespołu. Mei Ling jest odpowiedzialna za komunikację, zaprojektowała też radar Snake'a zwany Soliton Radar i Codec, nowy radioodbiornik umieszczony bezpośrednio w lewym uchu Węża. Zespół uzupełniają McDonell "Master" Miller, były trener i nauczyciel Snake'a, który wspomagał go w czasie misji w Zanzibar Land, oraz Nastasha Romanenko, specjalistka od broni nuklearnej. Poza tym jak zwykle, cały ekwipunek Snake będzie musiał skompletować sobie sam.
Snake korzystając z szybów wentylacyjnych szybko dostaje się do pierwszego budynku. Tam windą zjeżdża na poziom, na którym znajdują się cele dla więźniów i dostaje się do pierwszego z zakładników, Donalda Andersona. Snake mówi mu jak wygląda sytuacja, a szef DARPA potwierdza jego obawy - terroryści są w stanie użyć broni nuklearnej.
- To, co ci powiem, jest ściśle tajną informacją. Ćwiczenia, które tu przeprowadzaliśmy, dotyczyły nowego, eksperymentalnego typu broni. Broni, która jest w stanie wystrzelić ładunek nuklearny z każdego miejsca na ziemi. Uzbrojony w pociski nuklearne, chodzący czołg bojowy.
- Metal Gear?! To niemożliwe...!
Anderson jest zaskoczony tym, że Snake wie o Metal Gearze. Snake odpowiada, że w przeszłości miał już z nim parę schadzek. Nowy model, Metal Gear REX, przetrzymywany jest na terenie bazy. Snake dowiaduje się, że aby użyć głowicy nuklearnej potrzebne są dwa kody PAL. Jeden zna Anderson, drugi szefArmsTech , Kenneth Baker. Psycho Mantis, który potrafi czytać w ludzkich umysłach, poznał już kod Andersona. Nie wiadomo jednak co z Bakerem. Jednak nawet jeśli oba kody zostaną wpisane, jest jeszcze szansa na anulowanie ataku. Potrzebne są trzy karty-klucze PAL, w których posiadaniu jest Baker. Snake jest już gotów odejść, ale wtedy zaczyna się dziać coś dziwnego. Szef DARPA łapie się za klatkę piersiową, zaczyna się dusić. Sięga rękami w stronę Snake'a i po chwili pada martwy na ziemię. Naomi i Campbell przypuszczają atak serca. Snake opuszcza celę, jednak wchodzi prosto pod lufę strażnikowi. A przynajmniej komuś, kto wygląda jak strażnik, w dodatku jest kobietą. Snake zostaje oskarżony o zabicie Andersona, jednak nasz bohater wcale się tym nie przejmuje. Prowokuje kobietę, wyraźnie widząc, że pierwszy raz celuje w człowieka. Wymianę zdań przerywa nadejście prawdziwych strażników, którzy jednak szybko padają pod ostrzałem Snake'a i jego rozmówczyni, która po wszystkim ucieka. Snake kontynuuje misję.
Po pewnym czasie, wspomagając się ładunkami wybuchowymi do torowania sobie drogi przez ściany w podziemiach, nasz bohater dociera do szefaArmsTech . Mężczyzna przywiązany jest do słupa stojącego na środku pomieszczenia. Naokoło porozwieszane są napięte, cienkie nitki. Zauważając je, Snake szybko się odsuwa.
- C4! - stwierdza Snake.
- Dokładnie. Dotknij chociażby jednej linki, a ładunki wybuchowe rozerwą was obu - odpowiada mu mężczyzna, który właśnie wszedł do pomieszczenia.
Ma długie, siwe włosy i takie same wąsy. Ubrany jest w kowbojski płaszcz, a w dłoni trzyma rewolwer, którym kręci w popisowy sposób. To Revolver Ocelot. Dochodzi do zaciętego pojedynku, który po chwili zostaje przerwany przez czwartego osobnika. Ktoś z włączonym kamuflażem optycznym atakuje Ocelota, odcinając mu mieczem prawą dłoń. Po chwili wszystkie linki przywiązane do Bakera zostają rozcięte - mężczyzna upada i następuje wybuch, który nie czyni mu jednak krzywdy. Ocelot ucieka, a tajemnicza postać ujawnia swoje obliczę. Wygląda jak cybernetyczny ninja, z czerwonym światełkiem na środku twarzy.
- Kim jesteś!?
- Jestem taki, jak ty... Nie mam imienia - odpowiada Cybrog Ninja i ucieka.
Snake pomaga wstać Bakerowi. Dowiaduje się, że wygadał on swój kod PAL. Był to skutek tortur, bo moce Psycho Mantisa nie wystarczyły. Baker ma w mózgu implant który zabezpiecza go przed takimi praktykami.
- Każdy, kto zna ściśle tajne kody ma taki implant.
- Nawet szef DARPA? - pyta Snake.
- Oczywiście.
- Ale szef DARPA powiedział, że Mantis zdobył jego kod czytając mu w myślach.
- Jesteś pewien, że się nie przesłyszałeś?
Snake jest lekko zdziwiony. Ale mniejsza o to, terroryści maja teraz wszystko co potrzeba do rozpoczęcia ataku. Snake chce, aby Baker dał mu klucze umożliwiające deaktywację ataku, ale ten oddał je kobiecie z którą wcześniej dzielił celę. Tej samej, z którą Snake miał już do czynienia. Baker mówi, że zapomniał numeru częstotliwości jej odbiornika, ale Snake może go znaleźć na opakowaniu gry ;) Baker mówi tez o osobie, która jako jedyna może wiedzieć jak zniszczyć Metal Geara, gdyby Snake nie był w stanie powstrzymać ataku w inny sposób. Tym kimś jest twórca mecha, doktor Hal Emmerich, znajdujący się w drugim budynku na północ stąd. Baker opowiada dalej o samym Metal Gearze, między innymi o tym, że projekt jest finansowany przez Pentagon i przekazuje Snake'owi dysk z danymi dotyczącymi przeprowadzanych testów. Baker wspomina także o tajemniczym Ninjy nazywając go "małym sekretem FOXHOUND". Jednak nie podaje szczegółów, bo po chwili zaczyna się z nim dziać dokładnie to samo, co z Andersonem. Po trwających kilkadziesiąt sekund konwulsjach Baker umiera.
Snake nawiązuje kontakt ze wspomnianą kobietą. Okazuje się, zgodnie z jego przypuszczeniami, że to Meryl, bratanica Campbella. Dziewczyna mówi, że jest w stanie otworzyć Snake'owi bramę pozwalającą mu opuścić budynek, co też czyni. Gdy Snake szykuje się do wyjścia, dzwoni do niego nieznana mu osoba. Rozmówca przedstawia się jako Deepthroat i ostrzega Snake'a przed czołgiem, który czeka na nim na terenie oddzielającym oba budynki. Tak jest w rzeczywistości, Snake zostaje powitany salwą z działa czołgu. Kieruje nim Vulcan Raven, jednak Snake dość szybko unieruchamia maszynę używając granatów. Nasz bohater odchodzi, a wyłaniający się z wraku Raven stwierdza, że znalazł godnego przeciwnika. Snake wchodzi do drugiego budynku.
Wewnątrz znajduje się pomieszczenie w którym trzymane są rozbrojone głowice. Do Snake'a dzwoni Pułkownik i oznajmia mu, że ze względów bezpieczeństwa ma całkowity zakaż używania broni palnej. Dla dodatkowego zabezpieczenia Naomi blokuje u niego tę możliwość za pomocą nanomaszyn. Po pewnym czasie Snake dociera do pomieszczenia, w którym korytarz dzielący go od laboratorium, gdzie prawdopodobnie znajduje się Hal Emmerich, jest wypełniony gazem. Do tego podłoga jest pod napięciem. Snake znajduje maskę gazową oraz Nikitę, wyrzutnię zdalnie sterowanych rakiet i dzięki niej niszczy transformator, odcinając dopływ prądu. Teraz może już dostać sie do laboratorium. Jednak przed wejściem zastaje makabryczny widok. Cały korytarz pełen jest zakrwawionych zwłok żołnierzy, które wyglądają, jakby ktoś je pociął długim ostrzem. Snake wciąż słysząc krzyki ostrożnie wychyla się zza roku i widzi, jak ledwo widoczna postać zabija ostatniego strażnika, po czym wchodzi do laboratorium. Za nią wbiega Snake. Wewnątrz Cyborg Ninja podchodzi do kulącego się w rogu naukowca, który jest tak przerażony, że w miejscu gdzie siedzi pojawia się parująca kałuża. Ninja odwraca się.
- Czekałem na ciebie, Snake.
- Kim jesteś? - pyta Wąż.
- Ani wrogiem, ani sojusznikiem. Powracam ze świata, w którym takie określenia nie mają sensu. Odrzuciłem wszelkie przeszkody, teraz możemy rozpocząć walkę na śmierć i życie. Ty i ja.
- Czego chcesz?
- Długo czekałem na ten dzień. Chcę delektować się tą chwilą.
- Co to ma być, zemsta?
- Nic tak trywialnego. Walka na śmierć z tobą. Tylko w ten sposób moja dusza może znaleźć ukojenie. Ja zabiję ciebie, albo ty zabijesz mnie... To nie ma znaczenia - odpowiada wojownik, po czym dochodzi do pojedynku.
Snake szybko orientuje się, że nie ma sensu używać broni. Ninja odbija swoim mieczem każdy jego pocisk. Dochodzi do walki wręcz i z każdą chwilą przeciwnik Snake'a zdaje się być coraz bardziej uradowany.
- Już to kiedyś czułem, Snake... Pamiętasz mnie teraz?
- Nie może być...! Zginąłeś w Zanzibar Land...
Wtedy coś dziwnego zaczyna się dziać. Ninja pada na kolana i krzycząc zaczyna uderzać głową w podłogę. Mówi coś o jakimś leku po czym zrywa się na nogi i ucieka z pomieszczenia.
Snake dzwoni do Pułkownika i mówi mu, że spotkał Gray Foxa. Wywiązuje się rozmowa, do której wtrąca się Naomi. Gray Fox miał zginąć, jednak tak się nie stało. Jego ciało zostało zabrane z bazy Zanzibar Land i użyte jako materiał doświadczalny w terapii genowej prowadzonej przez poprzedniczkę Naomi, doktor Clark. Przez cztery lata faszerowała go lekami, sztucznie utrzymując przy życiu, oraz zespoliła jego ciało z egzoszkieletem. Oficjalnie mówi się, że Gray Fox wraz z doktor Clark zginęli w wybuchu, który miał miejsce w laboratorium dwa lata temu.
- Więc będziecie dalej walczyć? Dopóki go nie zabijesz? - pyta Naomi.
- Wolałbym nie... Ale to jest chyba to, czego on pragnie...
Snake w końcu podchodzi do naukowca. Hal Emmerich przyznaje się do tego, że jest szefem projektu Metal Gear REX. Twierdzi, że mech tworzony jest jako system do zestrzeliwania wrogich pocisków, swoista tarcza antyrakietowa, używana jedynie w celach obronnych. Snake ze złością łapie go za kołnierz i zarzuca mu kłamstwo mówiąc, że terroryści chcą użyć Metal Geara do wystrzelenia broni nuklearnej. Emmerich jest wyraźnie zszokowany. Mówi, że nie miał o tym pojęcia. Końcowe etapy tworzenia broni odbywały się bez jego nadzoru, pieczę nad nimi sprawował Kenneth Baker. Emmerich wiedział jedynie o tym, że REX wyposażony jest w działko obrotowe typu Vulcan, laser i działo kinetyczne, używające pola magnetycznego do wystrzelania pocisków zdolnych ośmiokrotnie przekroczyć barierę dźwięku. Pocisk taki nie musi posiadać żadnego ładunku wybuchowego. Naukowiec rozpacza i obwinia się o to, że był zbyt naiwny i tak łatwo dał się wykorzystać. Mówi, że nad jego rodziną ciąży jakaś nuklearna klątwa. Jego dziadek brał udział w Projekcie Manhattan, a ojciec urodził się 6 sierpnia 1945 roku, w dniu zrzucenia bomby na Hiroszimę.
- Zawsze miałem nadzieję, że będę mógł wykorzystać naukę by pomóc ludzkości, ale skończyło się na tym, ze to inni wykorzystali mnie. Używanie nauki w dobrych celach... Takie coś dzieje się tylko na filmach...
Hal w końcu zbiera się w sobie. Wyjawia Snake'owi miejsce, w których Metal Gear jest trzymany. To podziemny hangar pod trzecim budynkiem, na północ od wież komunikacyjnych. Snake radzi naukowcowi, by się gdzieś ukrył. Hal pokazuje mu, że ma taki sam kamuflaż optyczny, jak Ninja. Dzięki temu będzie w stanie pomagać Snake'owi. Mimo wszystko Snake chce poprosić Meryl, aby zaopiekowała się Emmerichiem. Dzwoni do niej, jednak rozmowa zostaje przerwana przez strażników, którzy zauważyli dziewczynę. Będzie musiał spotkać się z nią osobiście. Hal radzi mu przyczaić się na nią w damskiej toalecie. Snake ma już odejść, ale w ostatniej chwili zatrzymuje się.
- Nic cię nie boli? Wszystko w porządku? - pyta naukowca.
- Hę?
- Żadnych kłopotów?
- Co się stało, Snake? Nagle zrobiłeś się bardzo uprzejmy.
- Nieważne... To dobrze, że nic ci nie jest.
- Jesteś jakiś dziwny.
- Trochę się denerwuję. Wszyscy inny, których uratowałem, nagle umierali. Nieważne, zapomnij o tym co powiedziałem doktorze.
- Mów mi Otacon.
- Otacon?
- To skrót od Otaku Convention. Otaku to ktoś taki jak ja, kto uwielbia japońską animację.
Otacon opowiada Snake'owi o swojej pasji i o tym, że to anime zainspirowało go do zostania naukowcem. Jego marzeniem było budowanie mechów. Snake dostaje jeszcze częstotliwość, pod którą będzie mógł się skontaktować z Otaconem i odchodzi.
Zgodnie z zaleceniem Snake dostaje się na poziom, na którym znajdują się toalety. Kręci się tak kilku strażników, ale jeden z nich ma wyraźnie inny chód. W specyficzny sposób kołysze biodrami. To musi być Meryl, ale Snake nie może się z nią skontaktować, dopóki nie będą sami. Czeka aż dziewczyna wejdzie do toalety i wchodzi zaraz za nią. Tutaj ponownie Meryl udaje się złapać go na muszkę. Snake jak to Snake, zaczyna ją w typowy dla siebie sposób podrywać, ale Meryl mówi mu, żeby sobie odpuścił. Gdy dołączała do armii przeszła psychoterapię mającą na celu wyeliminowanie u niej skłonności do interesowania się osobami przeciwnej płci. Zaczynają rozmawiać o tym dlaczego postanowiła zostać żołnierzem.
- Byłam fanką FOXHOUND za czasów, kiedy ty i mój wujek tam należeliście. Byliście prawdziwymi bohaterami, nie było żadnej terapii genowej jak teraz.
- Na wojnie nie ma bohaterów. Wszyscy bohaterowie których znam są albo martwi, albo w niewoli. Jedno albo drugie.
- Ale Snake, ty jest bohaterem, prawda?
- Jestem jedynie facetem który zna się na swojej robocie. Na zabijaniu. Dla najemnika nie ma wygranej czy przegranej. Jedynymi wygranymi na wojnie są ludzie.
- To prawda, a ty walczysz właśnie dla ludzi.
- Nigdy nie walczyłem dla nikogo innego, poza sobą. Nie mam celu w życiu, czegoś, do czego dążę - Snake zdaje sie być podirytowany.
- Daj spokój.
- Jedyna chwila w której czuję, że żyję, to ta, kiedy na polu bitwy udaje mi się oszukać śmierć.
- Kiedy widzisz, jak umierają inni? Kochasz wojnę i nie chcesz, żeby dobiegła końca... Z wszystkimi wielkimi żołnierzami jest tak samo, prawda? - pyta zawiedzionym głosem.
Snake nie odpowiada. Zmieniając temat tłumaczy w jakiej sytuacji się obecnie znajdują. Meryl podaje mu kartę PAL, o której wspominał Baker, ale tylko jedną. Aby zatrzymać wystrzelenie rakiety Snake potrzebuje jeszcze dwóch. Oboje nie mają jednak pojęcia gdzie ich szukać. Meryl chce iść razem ze Snakiem, ale ten odmawia.
- Będziesz mnie jedynie spowalniać. Nie masz doświadczenia.
- Nie będę sprawiać kłopotów, obiecuję.
- A jeśli będzie inaczej?
- To wtedy będziesz mógł mnie zastrzelić.
Meryl korzysta teraz z ostatniej chwili by przejrzeć się w lustrze. Opowiada o swoim życiu i dochodzi do wniosku, że nigdy tak naprawdę nie podejmowała własnych decyzji. Została żołnierzem dlatego, że jej ojciec zginął na wojnie. Idąc w jego ślady i wstępując do armii miała nadzieję, że będzie mogła lepiej go zrozumieć. Ale teraz wie, że się myliła. Snake pozwala jej się zebrać w sobie i razem opuszczają pomieszczenie. Na zewnątrz jednak panuje dziwna cisza. Wszyscy strażnicy zniknęli. Gdy zbliżają się do kolejnego pokoju, Meryl pada na kolana, łapiąc się za głowę. Snake chce jej pomóc ale ta krzyczy do niego, żeby się nie zbliżał. Po chwili dziewczyna wstaje i dziwnie brzmiącym, spokojnym głosem oznajmia, że nic jej nie jest.
- Zapraszam do środka, panie FOXHOUND - zwraca się do Snake'a.
Oboje wchodzą do elegancko wystrojonego pokoju. Nagle Meryl wyciąga swój pistolet i celuje w Snake. Chwiejnym krokiem zaczyna iść w jego stronę.
- Snake... Lubisz mnie...?
- Co do...!?
- Lubisz mnie...? Przytul mnie, Snake...
- Meryl, co się dzieje?
- Snake... Pragnę cię...!
W tej samej chwili za plecami Meryl pojawia się jakaś groteskowa postać. Przerażająco chuda, ubrana w skórzany, obcisły kombinezon, z maską gazową zasłaniającą twarz. Lewituje nad ziemią.
- Co jest Snake, nie lubisz dziewczynek? - pyta nieznajomy.
Snake wiedząc, że Meryl nie jest świadoma tego co robi, ogłusza ją. Następnie bierze postać na cel. Mężczyzna, przedstawiający się jako Psycho Mantis mówi mu, że to bezcelowe. Umie bowiem czytać w myślach Snake'a i wie dokładnie co ten ma zamiar zrobić. I to wcale nie są przechwałki. Psycho Mantis unika każdego strzału. Wąż ze wszystkich sił stara się oczyścić swój umysł i dzięki temu, po długiej walce pokonuje Mantisa. W samej grze wymagało to pewnej sprytnej zagrywki, która stała się jednym z najlepiej znanych przykładów przełamywania tak zwanej "czwartej ściany" w grach video :) Snake nachyla się nad leżącym Mantisem, a w tej samej chwili Meryl odzyskuje przytomność i podnosi się z ziemi. Mantis, czując, że umiera, pokazuje Snake'owi ukryte drzwi, którymi będzie mógł wydostać się z tego budynku. Snake zdejmuje jego maskę. Twarz Mantisa wygląda jak czaszka obciągnięta cienką, szarą skórą, z grubymi szwami biegnącymi wzdłuż czoła, jakby ktoś kiedyś otwierał mu głowę. Na pytanie, dlaczego im pomaga, Mantis odpowiada, że w przeciwieństwie do tysięcy osób, którym czytał w myślach, Snake nie myśli o przyszłości. Nie chodzi mu o przekazanie swoich genów, o utrzymanie gatunku, co jest celem wszystkich żywych organizmów. On żyje chwilą. Tak jak Mantis, dla którego nie istnieją ani przeszłość, ani przyszłość. Mówi też, że gdy czytał myśli Meryl zobaczył, że Snake bardzo dużo dla niej znaczy. Mantis prosi, żeby Snake założył mu jego maskę, po czym siłą woli odsuwa szafę, za którą jest ukryte przejście i wyznaje, że to pierwszy raz kiedy użył swoich mocy, by komuś pomóc. I że to miłe uczucie. Snake i Meryl odchodzą, zostawiając martwego Mantisa.
Meryl przeprasza Snake'a za to, że dała sobą manipulować i zbiera się by zadać mu kilka pytań.
- Snake, jak się nazywasz? Jakie jest twoje prawdziwe imię?
- Imię nie ma żadnego znaczenia na polu bitwy.
- Ile masz lat?
- Wystarczająco dużo, by wiedzieć jak wygląda śmierć.
- Masz jakąś rodzinę?
- Nie, ale byłem wychowywany przez wielu.
- Snake, jest ktoś, na kim ci zależy?
- Nigdy nie interesowało mnie życie nikogo innego...
- A więc jesteś smutnym, samotnym człowiekiem. Dokładnie tak, jak powiedział mi Mantis...
Ukryte drzwi prowadzą na zewnątrz, do jaskini zamieszkanej przez mieszańce psów i wilków. Bohaterowie przedostają się na drugi koniec i wchodzą na teren przyległy do wież komunikacyjnych. Przed nimi rozciąga się długi korytarz. Nagle rozlega się strzał i Meryl pada na ziemię. Ktoś trafił ją w nogę. Snake odruchowo odskakuje w bezpieczne miejsce. Meryl próbując się podnieść obrywa w drugą nogę, a po chwili również w ramię, gdy próbuje sięgnąć po broń. Snake dzwoni do Pułkownika by powiedzieć mu o tym, co się dzieje. Przysłuchująca się rozmowie Naomi stwierdza, że to Sniper Wolf. Snake nie będzie w stanie nic zrobić, jeśli nie zdobędzie karabinu snajperskiego. Dzwoni do Otacona, a ten mówi mu, że widział taką broń w zbrojowni w pierwszym budynku. Snake musi zostawić Meryl i jak najszybciej udać się po snajperkę. Gdy w końcu wraca, w miejscu, gdzie leżała dziewczyna jest tylko jej krew. Snake wdaje się w walkę ze Sniper Wolf czającą się u podnóża wieży i wygrywa pojedynek. A przynajmniej tak sądzi, bo gdy podbiega do miejsca, skąd strzelała jego przeciwniczka, widzi tylko plamki krwi. Po chwili zostaje zaatakowany przez strażników, którzy biorą go na cel. Snake nie ma wyjścia, musi się poddać. Dołącza do nich Sniper Wolf.
- Snajper kobieta, hę?
- Nie wiedziałeś, że dwie trzecie najlepszych zabójców na świecie, to zabójczynie? Chcesz umrzeć teraz, czy po swojej przyjaciółce?
- Umrę po tym, jak zabiję ciebie.
Zadowolona z siebie Sniper Wolf podchodzi do Snake'a i paznokciem kaleczy jego policzek.
- Zostawiam na tobie mój znak... Dopóki cię nie zabiję, będę myśleć tylko o tobie.
Snake zostaje ogłuszony przez strażników.
Nasz bohater budzi się przykuty do jakiejś maszyny. Oślepia go światło z lamp zawieszonych prosto przed jego twarzą. Słyszy też jakieś głosy.
- Nie zabijaj go jeszcze. Chce go mieć żywego.
- Zostaw to mnie.
- I nie chcę żadnych wypadków w stylu szefa DARPA.
Pierwszy z rozmówców zaczyna mówić do Snake. Zarzuca mu, że ukradł wszystko to, co było dla niego najważniejsze, jego pierworództwo. Jednak teraz, po trzydziestu latach w końcu się spotykają. Metalowe łożę podnosi się i Snake widzi twarz Liquida, tak bardzo podobną do jego własnej.
- Tak, podobieństwo jest aż nadto widoczne. Nie uważasz, braciszku? A może powinienem raczej powiedzieć, starszy bracie? Nie jestem pewien... Zresztą nieważne, ty i ja jesteśmy ostatnimi, żyjącymi "synami Big Bossa".
Z dalszej rozmowy, w której udział bierze także znajdująca się w pomieszczeniu Sniper Wolf, Snake dowiaduje się między innymi, że od momentu przekazania żądań przez terrorystów upłynęło już 14 godzin, oraz że Meryl wciąż żyje. Po chwili Snake zostaje sam na sam z Ocelotem, który rozpoczyna przesłuchiwanie. Przeszukano ekwipunek Snake'a i znaleziono dysk z danymi o Metal Gearze i klucz PAL. Ocelot chce się dowiedzieć gdzie są pozostałe dwa klucze i o jaką sztuczkę z nimi związaną chodziło Bakerowi. Snake zgodnie z prawdą odpowiada, że nie wie, jednak to nie satysfakcjonuje Ocelota. Przez ciało Snake'a przepływa potężny ładunek elektryczny, wystarczająco wysoki, by go uśmiercić, jeśli w odpowiedniej chwili nie zostanie odłączony. Snake jednak dzielnie się trzyma. Po trzech razach, które nie przynoszą żadnego skutku, Snake zostaje zaciągnięty do celi. Jak się okazuje, ma współlokatora. W kącie pomieszczenia leży ciało szefa DARPA. Jednak coś nie pasuje. Zapach i stan ciała wskazuje na to, że Anderson leży tu od co najmniej kilku dni, a przecież Snake widział jak umiera parę godzin temu. W dodatku wygląda na to, że odessano mu krew. Snake zdaje sprawozdanie Pułkownikowi. Ma jednocześnie pretensję o to, że mimo wcześniejszych ustaleń, nie mówi mu wszystkiego, bowiem Pułkownik dobrze wiedział, że REX to tajny, rządowy projekt. Wspólnie z Naomi analizują jeszcze sprawę ciała Andersona, a na koniec Campbell mówi Snake'owi, żeby nie szukał pozostałych dwóch kluczy, tylko zniszczył Metal Geara. Snake dzwoni również do Otacona, który obiecuje, że postara się pomóc mu wydostać się z więzienia. Po chwili przychodzi strażnik i zabiera Snake'a na kolejną sesję tortur, która i tym razem nie przynosi oczekiwanego rezultaty. Osłabiony Snake ponownie zostaje wrzucony do celi. Po chwili dzwoni do Naomi, prosząc, by rozmową z nim ulżyła mu w bólu. Zaczynają rozmawiać o rodzinie, co wydaje się nie być miłym tematem dla Naomi. Snake mówi, że był kiedyś jeden mężczyzna, który nazwał go swoim synem i który zginął z jego ręki.
- Big Boss - dopowiada Campbell.
- Big Boss!? Nic o tym nie wiedziałam... - Naomi jest wyraźnie zaskoczona.
- Nie miałaś prawa wiedzieć. Tylko ja i Snake wiemy co tak naprawdę wydarzyło się sześć lat temu w Zanzibar Land.
- Czyli to prawda? On był twoim ojcem?
- Tak mówił - odpowiada Snake. - To wszystko co wiem.
Naomi jest też zszokowana tym, że Snake tak po prostu był w stanie go zabić. Wąż odpowiada, że niektórzy ludzie po prostu potrzebują śmierci. To był również jeden z powodów, dla których Snake opuścił FOXHOUND. Naomi odpowiada, że sama również nigdy nie miała normalnej rodziny. Miała jednak przyszywanego brata, dużo starszego, który nie był spokrewniony z nią w żadnym stopniu, ale opiekował się nią. Naomi przejmuje inicjatywę i pyta Snake'a czy ma jakichś przyjaciół. Ten odpowiada bez zastanowienia - Roy Campbell. Pułkownik jest miło zaskoczony. Po chwili jednak Snake wspomina jeszcze jedną osobę. Frank Jaeger, zwany również Gray Fox. To jest kolejnym szokiem dla Naomi. Nie jest w stanie zrozumieć, że mężczyźni, którzy walczyli ze sobą na śmierć i życie, mogą uważać się za przyjaciół. Rozmowa dobiega końca. Strażnik pilnujący Snake'a zaczyna być nerwowy. Po chwili łapie się za brzuch, z którego wydobywa się głośne bulgotanie i pędem rzuca się w stronę toalety. Niedługo później do drzwi celi podbiega Otacon, z włączonymi kamuflażem optycznym. Nie jest w stanie otworzyć drzwi, ale przynosi Snake'owi prowiant - keczup i kanapkę. Wężowi nie o taka pomoc chodziło, ale lepsze to niż nic. Wpada jednak na pewien pomysł. Kładzie się na ziemi i oblewa dopiero co otrzymanym keczupem. Kilka minut później wraca strażnik i z miejsca wbiega do celi, by sprawdzić co się stało. Po chwili leży już ogłuszony na podłodze. Snake zabiera swój ekwipunek i opuszcza więzienie.
Nasz bohater znajduje się z powrotem w pierwszym budynku. Aby wrócić do wież musi przejść spory kawałek, jednak podróż przebiega bez zakłóceń. Staje w miejscu, gdzie leżała ranna Meryl i przypomina sobie ten widok. Cała ekipa dzwoni do Snake'a, starając się go pocieszyć i sprawić, by nie obarczał siebie winą za los Meryl. Wraz z rozwojem rozmowy dowiaduje się również co nieco o dziadku Naomi, który był asystentem Edgara Hoovera, pierwszego dyrektora FBI. Dziadek Naomi był Japończykiem, pomagał również rozpracowywać nowojorską mafię w latach '50. Snake odpowiada, że wcześniej Naomi twierdziła, że nie zna żadnego członka swojej rodziny, ale Naomi mówi, że szukała trochę na ten temat gdy była już dorosła. W tym czasie jednak jej dziadek już nie żył. Ostatecznie Snake dociera do drzwi, przy których ostatnim razem został złapany i wchodzi do środka. Po długiej wędrówce schodami dociera w końcu na dach, gdzie ktoś już na niego czeka. To Liquid w swoim śmigłowcu.
- A więc Wąż w końcu wyszedł ze swojej nory. Jesteś gotów, bracie? - Liquid krzyczy przez głośnik zamontowany w maszynie.
- Dlaczego nazywasz mnie bratem? Kim ty do diabła jesteś!?
- Jestem tobą. Jestem twoim cieniem!
Snake zdobywał wyrzutnię rakiet Stinger i po raz trzeci w swojej karierze stawia czoło potężnemu śmigłowcowi. Po długiej walce Hind staje w płomieniach i obracając się zaczyna spadać, po czym wybucha.
- Do zobaczenia w piekle, Liquid. Sprawę kremacji mamy już załatwioną.
Snake przechodzi z jednej wieży do drugiej i schodzi na dół, wydostając się na otwarty teren. Nie zdąża się jeszcze dobrze rozejrzeć, gdy zostaje postrzelony. Nie ma pojęcia skąd pad strzał, a to może oznaczać tylko jedno. Snake sięga po swój karabin i zaczyna wypatrywać Sniper Wolf. Znajduje ją czającą się za drzewami na przeciwległym końcu terenu. Po długim polowaniu Wąż ostatecznie wygrywa z Wilkiem. Podchodzi do wciąż żywej, krwawiącej kobiety. Opowiada ona swoją smutną historię - to, jak wychowywała się na polu bitwy, jak została snajperem, dzięki czemu mogła obserwować wojnę i ludzką głupotę od drugiej strony. Prosi Snake'a, żeby ją zabił. By ją uwolnił, na to czekała całe życie. Pojawia się Otacon i zrozpaczony wyznaje, że kocha Sniper Wolf. Ta prosi go, żeby podał jej karabin, który jest częścią jej samej. Otacon spełnia jej prośbę, po czym odwraca się i zasłania uszy, kiedy Snake wyjmuje pistolet i zabija Sniper Wolf. Snake mówi Otaconowi, że zostało niewiele czasu i musi iść znaleźć Metal Geara. Hal to rozumie i deklaruje, że będzie mu pomagał przez Codec.
Snake znajduje drzwi i wchodzi do podziemnej bazy. Mija pomieszczenie pełniące role odlewni żelaza i kieruje się do windy towarowej zjeżdżającej pod ziemię. Wtedy dzwoni do niego Master Miller. Mówi, że musi mu powiedzieć coś, czego dowiedział się o doktor Naomi Hunter. Miller upewnia się, że nikt ich nie podsłuchuje, po czym oznajmia, że opowieści o dziadku Naomi są jednym, wielkim kłamstwem. Miller należał kiedyś do FBI i był w stanie to sprawdzić. Sugeruje, że Naomi jest szpiegiem, na co Snake odpowiada mu, że to niedorzeczne. Miller jako dowód wspomina o tym, że Edgar Hoover znany był z bycia rasistą, a dziadek Naomi był Japończykiem. W latach, w których rzekomo miał pracować w FBI, nie było tam tak naprawdę żadnego Azjaty. W dodatku sprawa mafii, w której miał brać udział nie działa się w latach '50, jak sugeruje Naomi, tylko w '60 i nie w Nowym Jorku, a w Chicago. Do tego tajemnicza śmierć Andersona i Bakera, oraz postać Cyborg Ninja, są zbyt podejrzane. Master radzi Snake'owi, żeby uważał na kobietę, po czym rozłącza się.
Winda staje na samym dole. W pomieszczeniu jest bardzo zimno, ściany pokrywa szron, a wokół latają kruki. Snake przechodzi przez drzwi i wkracza do wielkiej chłodni, gdzie ktoś już na niego czeka. Uzbrojony w potężne, obrotowe działo, w połowie nagi, pośród przenikliwego zimna i otoczony przez swych ptasich braci stoi Vulcan Raven. Snake spotkał go kilka godzin temu, podczas potyczki z czołgiem. Raven mówi, że to był tylko test. Szaman używa swoich mocy by spojrzeć w przeszłość Snake i oznajmia mu, że mają wspólnych, bardzo dalekich przodków.
- Nie przypominam sobie, żebym miał jakieś kruki w rodzinie - odpowiada Snake.
- Drwisz sobie, ale to fakt. Kruki i węże nie są najlepszymi przyjaciółmi. Mimo to, będziesz godnym przeciwnikiem - mówi Raven, po czym dochodzi do walki.
Snake nie ma szansy w otwartej wymianie ognia. Działo Ravena roznosi w pył kontenery znajdujące się w pomieszczeniu, jednak Snake używając min i rakiet w końcu pokonuje przeciwnika. Raven oparty o ścianę dyszy ciężko.
- Nie jesteś wężem, którego stworzyła natura. Ty i szef jesteście z innego świata... Świata, o którym ja nie chcę nic wiedzieć. Idź i walcz, ja będę cię obserwować. Ale najpierw dam ci wskazówkę...
Raven mówi Snake'owi, że Donald Anderson, który umierał na oczach Snake'a, nie był prawdziwym szefem DARPA. Był to Decoy Octopus, jeden z członków FOXHOUND. Podszył się pod swój cel całkowicie, włączenie z przetoczeniem sobie jego krwi. Mimo, że był mistrzem w tym co robił, nie był w stanie oszukać śmierci. Snake chce wiedzieć czemu terroryści zadali sobie tak wiele trudu, ale Raven nie ma zamiaru nic więcej powiedzieć. Zlatują się kruki i zaczynają rozdziobywać jego ciało.
- Ścieżka, którą kroczysz, nie ma końca. Każdy twój krok to kolejne trupy twoich wrogów. Ich dusze będą cię gnębić po wsze czasy... Nigdy nie zaznasz spokoju... Usłysz mnie, Snake! Moja dusza będzie cię obserwować!
Snake po pewnej chwili odwraca się, ale jedyne co widzi, to zakrwawione działo Ravena.
Do Snake ponownie dzwoni Miller. Ta sprawa również dotyczy Naomi. Zanim jednak Snake zdąży odłączyć się, żeby nikt nie był w stanie ich podsłuchiwać, do rozmowy dołącza Campbell. Miller uznaje jednak, że Pułkownik powinien o tym wiedzieć. Naomi nie jest osobą, za którą się podaje. Prawdziwa doktor Naomi Hunter zaginęła gdzieś na terenach Środkowego Wschodu. Oszustka musiała w jakiś sposób zdobyć jej dokumenty. Po dłuższej rozmowie cała trójka dochodzi do wniosku, że Naomi pracuje dla terrorystów i że tajemnicza śmierć dwójki zakładników ma z tym coś wspólnego. Master nalega, by Naomi została przesłuchana, oraz odłączono ją od grupy wspomagającej Snake'a. Przy okazji Snake znów ma wrażenie, że Pułkownik nie jest z nim do końca szczery.
Po rozmowie Snake kontynuuje misję i w końcu dociera do wielkiego, podziemnego hangaru. Wprost naprzeciw niego stoi monumentalny Metal Gear REX. Wokół jest jednak pusto, nie ma żadnego strażnika. Dzwoni Otacon i oznajmia, że podsłuchał rozmowę z której wynika, że przygotowania do użycia Metal Geara zostały zakończone i że oba kody PAL zostały aktywowane. Jedyna nadzieja w tym, że Snake'owi uda się je dezaktywować przy pomocy trzech kluczy, jednak wciąż nie ma pojęcia gdzie znajdują się dwa z nich. Otacon mówi, że z owymi kluczami jest związany pewien podstęp, tak jak mówił Ocelot. Postara się włamać do komputera Bakera i znaleźć coś w jego danych.
Snake wspinając się po rusztowaniach wokół Metal Geara dociera do pomieszczenia kontrolnego. Wewnątrz toczy sie rozmowa między Liquidem i Ocelotem. Rząd USA wciąż nie zamierza poddać się żądaniom terrorystów. Liquid postanawia zmienić cel ataku. Z miasta w Rosji, na dawne tereny testów nuklearnych w Chinach. Po pierwsze, robi to ze względu na Ocelota i Gurlukovicha, którzy są Rosjanami. Poza tym w ten sposób wybuch wciąż będzie można ukryć przed opinią publiczną, ale mimo to przysporzy on wielu kłopotów USA. Reputacja Ameryki zmalenie, wyjdzie na jaw prawda o nowej, tajnej broni. USA nie będzie zadowolone, gdy terroryści zaczną sprzedawać ich własny, ściśle tajny projekt. W dodatku okazuje się, że szczątki Big Bossa to nie jedyna rzecz, której żądają terroryści. Chcą również jeden miliard dolarów, oraz szczepionkę przeciw tajemniczemu FOXDIE. Ocelot analizując sytuację mówi, żeFOXDIE zabiło już Octopusa i Bakera, czyli prawdą jest, że najpierw atakuje starsze osoby. Mantis nie został zarażony prawdopodobnie dlatego, że nosi maskę. Sniper Wolf z kolei jest uzależniona od środków uspokajających, które pomagają jej skupić sie w walce. Być może przez toFOXDIE nie zadziałał również w jej przypadku. Rozmowa wraca do tematu wspomnianego wcześniej Gurlukovicha. Wygląda na to, że ma on być nabywcą Metal Geara, który jako zaliczkę finansuje działania terrorystów, zaopatrując ich w sprzęt. Dzięki Metal Gearowi chce sprawić, że Rosja znów stanie się potęgą militarną. Nagle dzwoni Otacon. W końcu udało mu się znaleźć pozostałe dwa klucze. Tak na prawdę, Snake jest już w ich posiadaniu. Klucz PAL, który ma Snake, zmienia swoje właściwości zależnie od temperatury. Temperatura pokojowa to pierwszy stan. Drugim jest niska temperatura, a trzecim wysoka. To jest ta sztuczka, o której mówił Baker. Nagle pada strzał. Ocelot zauważył Snake'a, który zaskoczony upuszcza kartę, która spada na sam dół hangaru. Drzwi do pokoju kontrolnego zamykają się, a Liquid oznajmia, że szyby są kuloodporne. Snake nie ma wyjścia, musi odzyskać klucz. Schodzi na sam dół i wyciąga go ze ścieków z radioaktywnymi odpadkami. Wraca na górę, do pustego już pokoju i wprowadza kartę do komputera. System ją przyjmuje i oczekuje drugiego klucza. Snake zabiera kartę i ma już zamiar opuścić pomieszczenie, gdy dzwoni Miller. Ponownie ma do powiedzenia coś o Naomi. Snake przełącza ich na bezpośrednie połączenie i zaczyna słuchać.
- Mam dobrego znajomego w Pentagonie... Wygląda na to, że w Agencji Wywiadu Obronnego pracują nad nowym rodzajem broni skrytobójczej. Snake, słyszałeś kiedykolwiek oFOXDIE?
Miller opowiada naszemu bohaterowi o nowym typie wirusa, który atakuje jedynie te osoby, na które został zaprogramowany. Skutkiem tego ataku jest śmierć wyglądająca jak atak serca. PrezydentArmsTech, oraz Decoy Octopus podszywający się pod szefa DARPA - to wszystko sprawka wirusa.
- Chyba nie chcesz mi powiedzieć, że stoi za tym Naomi?
- Snake, spróbuj sobie przypomnieć. Czy Naomi nie podała ci jakiegoś zastrzyku?
- Nanomaszyny...
- Naomi była w idealnym położeniu by zarazić cię wirusem, ale nie wiem jakie miała ku temu motywy.
Snake dzwoni do Campbella spytać go, czy o tym wiedział. Nie odpowiada, oznajmiając jedynie, że Naomi została aresztowana. Przyłapano ją na wysyłaniu zakodowanych wiadomości do bazy na Shadow Moses. W tej chwili jest przesłuchiwana.
Snake nie może uwierzyć, że Naomi ich zdradziła. Mimo to, postanawia skupić się na wykonaniu swojej misji. W tym celu udaje się do chłodni w której walczył z Ravenem. Wyjmuje kartę PAL, która po chwili zmienia kolor z żółtego na niebieski. Wprowadza ją do komputera i udaje się do huty, którą mijał na początku. Panująca tam wysoka temperatura sprawia, że karta zmienia kolor na czerwony. W drodze powrotnej ktoś dzwoni do Snake'a.
- Snake, słyszysz mnie? Tu Naomi...
Kobieta przyznaje się do stawianych jej zarzutów. Jednak nie wszystko co mówiła, było kłamstwem. Nigdy nie znała swoich rodziców, zaczęła zajmować się genetyką by móc lepiej poznać siebie samą. Opowiada Snake'owi, że jako mała sierota została znaleziona w latach '80 na terenach dzisiejszego Zimbabwe. Od śmierci głodowej uratował ją wtedy człowiek, który stał się jej przyszywanym bratem. Był to Frank Jaeger, znany w świecie najemników jako Gray Fox. Później pojawił się Big Bossa. Zabrał oboje do Ameryki, a później wraz z Gray Foxem powrócił do Afryki by kontynuować wojnę. Wtedy Snake zabił Big Bossa i sprawił, że Frank został kaleką, którego później okrutny sposób przywrócono do pełnej sprawności. Naomi poprzysięgła zemstę na Snake'u i wstąpiła do FOXHOUND. Kobieta tłumaczy również sposób działaniaFOXDIE . Jest to typ retrowirusa, którego inteligentne enzymy analizują kod DNA ofiary i uśmiercają ją, jeśli kod ów zgadza się z wzorcem w nich zawartym. Snake chce się dowiedzieć, czy sam jest nosicielem wirusa. Mówi, że nie wini Naomi za to, że chciała go zabić, ale ma jeszcze robotę do wykonania i nie może teraz umrzeć. Naomi odpowiada, że użycieFOXDIE nie było jej decyzją. To był element tej misji. Naomi zdaje się chcieć powiedzieć Snake'owi jeszcze jedną, ważną rzecz, ale łączność zostaje przerwana.
- Snake, nie mogę pozwolić, aby Naomi się z tobą kontaktowała. Została usunięta z tej operacji - oznajmia Snake'owi Pułkownik.
- Co się z nią stało!? Co miała na myśli mówiąc, że FOXDIE był częścią tej misji? Muszę z nią porozmawiać!
- Nie zezwalam na to. Naomi została aresztowana.
- ... Wrobiłeś mnie!
- Snake, nie ma na to czasu. W tej chwili masz się skupić na zniszczeniu Metal Geara. Zrozumiano, Snake?
Snake nie ma innego wyjścia. Po raz trzeci wchodzi do pomieszczenia kontrolnego i umieszcza w komputerze ostatni klucz PAL.
- Kod numer trzy zaakceptowany. - słychać komunikat komputera. - Wprowadzanie kodów zakończone. Kod detonacji - aktywowany. Pełna gotowość do przeprowadzenia ataku...
Snake nie wie, co się dzieje. Właśnie uzbroił głowice nuklearne. Ktoś do niego dzwoni.
- Dziękuję Snake, teraz już nic nie powstrzyma Metal Geara.
- Master Miller? Co się dzieje?
- Znalazłeś klucze i nawet sam za nas aktywowałeś głowicę. Naprawdę, jestem ci bardzo wdzięczny. Nie mogliśmy zdobyć kodu szefa DARPA. Mantis nie potrafił odczytać jego myśli, a Ocelot przez przypadek zabił go w czasie tortur. Innymi słowy, nie byliśmy w stanie przeprowadzić ataku i zaczynaliśmy się trochę martwić. Bez realnego zagrożenia użyciem broni nuklearnej, nasze żądania nigdy nie zostałyby spełnione. Wtedy pomyśleliśmy, ze twoja obecność tutaj może okazać się pomocna. Najpierw chcieliśmy wyciągnąć od ciebie informacje przy pomocy Decoy Octopusa przebranego za szefa DARPA, ale niestety, nie przeżył on spotkania z FOXDIE.
- A więc miałeś to zaplanowane od początku? Wykorzystać mnie do wprowadzenia kodu?
- Heh... Nie bądź naiwny. Chyba nie spodziewałeś się, że zaszedłeś tak daleko jedynie dzięki sobie?
- Kim do diabła jesteś!?
- Spotkajmy się osobiście, wtedy wszystko ci powiem. Jestem niedaleko...
- Snake, to nie jest Master Miller! - wtrąca nagle Campbell. - Jego ciało zostało znalezione w jego domu. Nie żyje od trzech dni!
- A więc kto to jest? - pyta Snake.
- To ja, drogi bracie...
- Liquid!?
Snake wybiega z pomieszczenia kontrolnego i widzi, jak Liquid wchodzi do kokpitu REXa.
- Dlaczego udawałeś Millera?
- By móc tobą łatwej manipulować. Spisałeś się bardzo dobrze, muszę przyznać. Chłopcy z Pentagonu są zapewne tego samego zdania. Wykonywałeś ich rozkazy bez zastanowienia, byłeś jedynie ich pionkiem. Ratowanie zakładników, próba powstrzymania ataku... To wszystko jedynie dywersja. Pentagon chciał tylko, żebyś się z nami skontaktował. Żebyś zabił nas przy pomocy FOXDIE, tak, by oni mogli bezpiecznie odzyskać swojego Metal Geara. Jednak nasz szpieg w Pentagonie odniósł nam, że bezpośrednio przez misją doktor Naomi Hunter zmodyfikowała wirusa. Nikt jednak nie wie w jakim celu. Ale to nieważne. Szczepionka jest jednym z naszych żądań.
- Istnieje szczepionka?
- Musi istnieć. Ale jedynie ta kobieta wie to na pewno. Jednak może się okazać, że szczepionka nie będzie potrzebna...
- Co masz na myśli?
- Widzisz, mimo, że udało ci się nawiązać z nami kontakt i wystawić nas na działanie wirusa, Ocelot, ja i ty - nosiciel, najwyraźniej nie zostaliśmy nim zaatakowani.
- Błąd podczas programowania wirusa?
- Być może. Ale co by nie było, jeśli ty wciąż żyjesz, to znaczy, że nie muszę się martwić. Wszak nasz kod DNA jest identyczny.
- A więc to prawda, jesteśmy...
- Bliźniętami, tak. Ale nie zwykłymi. Dzielimy przeklęte geny. Les enfantes terribles. Ty jesteś tym lepszym, dostałeś wszystkie dominujące geny staruszka. Ja mam wszystkie wybrakowane, recesywne geny. Wszystko zostało przeprowadzone tak, byś to ty był jego doskonałym dzieckiem. Jedynym powodem mojego istnienia jest to, byś ty mógł zostać stworzony.
- Czyli to ja byłem ulubieńcem tatusia, hę?
- Właśnie! Nie masz pojęcia jak to jest żyć ze świadomością, że od urodzenia jesteś niczym innym, jak śmieciem! Ale to mnie wybrał ojciec...
- To dlatego masz taką obsesję na jego punkcie. Jakiś skrzywiony rodzaj miłości.
- Miłości!? To nienawiść! Zawsze powtarzał mi, że to ja jestem tym gorszym! I teraz mogę się zemścić!
Liquid uruchamia Metal Geara. Wielka platforma unosi obu braci do góry i po chwili znajdują się w pustym hangarze. Metal Gear rycząc jak dzikie zwierze podnosi się i rusza w stronę Snake'a. W tym samym czasie dzwoni Otacon, przekazując Wężowi sposób na zniszczenie maszyny. Przede wszystkim trzeba uszkodzić jego opancerzony radar. To sprawi, ze Liquid będzie musiał opuścić kokpit, by ręcznie namierzać Snake'a. Otwarty kokpit jest jedynym słabym punktem Metal Geara. Snake korzystając ze Stingera raz po raz posyła rakiety w stronę mecha. REX podchodzi jednak niebezpiecznie blisko i unosi nogę, by zmiażdżyć Snake'a. W tej chwili pojawia się Gray Fox i korzystając z niesamowitej siły, którą zapewnia mu egzoszkielet, ratuje naszego bohatera. Gdy Fox nie jest w stanie dłużej stawiać oporu maszyny, odskakuje i działkiem zamontowanym w swoim ramieniu strzela w radar. Liquid traci z oczu swój cel.
- Fox, ale dlaczego? Czego chcesz ode mnie?
- Jestem niewolnikiem śmierci. Tylko ty możesz mnie uwolnić...
Okazuje się, że Gray Fox i Deepthroath to ta sama osoba. Snake pyta o Naomi. Fox mówi, że to on zabił jej rodziców. Jednak był wtedy jeszcze młody i nie mógł zebrać się, by zabić ją samą. Miał wyrzuty sumienia i przez to postanowił się nią zaopiekować. Obserwując ich z zewnątrz można było odnieść wrażenie, że są szczęśliwym rodzeństwem, ale Fox za każdym gdy patrzył na nią, widział obraz jej rodziców. Gray Fox prosi Snake'a, by powiedział o tym Naomi. W tej samej chwili Liquid ich zauważa. Fox bez wahania wyskakuje z ukrycia i zaczyna walczyć z Metal Gearem. Traci przez to rękę, ale zdaje się nie robić to na nim wrażenia. Niestety, nie jest w stanie wygrać. Kokpit Metal Geara przygwożdża go do ściany.
- Na Środkowym Wschodzie nie polujemy na lisy. Polujemy na szakale - mówi Liquid. - Snake, masz zamiar siedzieć i patrzeć, jak on umiera?
Ostatkem sił Fox używając swojego działka niszczy radar Metal Geara, zmuszając Liquida do otwarcia kokpitu.
- Zapędzony do rogu lis jest bardziej niebezpieczny, niż szakal - odpowiada Gray Fox. - Po Zanzibar Land, gdy zabrano mnie z pola bitwy, nie byłem ani żywy, ani martwy. Byłem cieniem pośród świateł. Ale wkrótce... Wkrótce, to wszystko dobiegnie końca.
Snake nie wie co zrobić. Ma teraz okazję posłać rakietę prosto w otwarty kokpit, ale przez to trafi również Gray Foxa. Nie jest w stanie tego uczynić. Metal Gear zrzuca Foxa na ziemię i przydeptuje go.
- Snake... Nie jesteśmy narzędziami rządu, ani nikogo innego! Walka była jedyną rzeczą, w której byłem dobry, ale przynajmniej zawsze walczyłem za to, w co wierzyłem. Żegnaj, Snake...
Egzoszkielet nie wytrzymuje i Gray Fox ginie zgnieciony przez Metal Geara.
- Głupiec, prosił sie o śmierć. Widzisz Snake? Nie jesteś w stanie nikogo ochronić! Nawet siebie samego! A teraz giń!
Walka trwa nadal, Snake bez ustanku posyła kolejne pociski prosto w paszczę bestii. W końcu udaje mu się zwyciężyć. Następuje eksplozja, która rzuca Snake'a na ścianę, tak że traci przytomność.
Snake leży ze związanymi rękami na szczycie zniszczonego Metal Geara. Gdy otwiera oczy widzi stojącego przed nim Liquida. Oznajmia on, że zniszczenie REXa nic nie znaczy. On wciąż będzie walczyć, by stworzyć to, czego pragnął Big Boss. Świata, w którym tacy ludzie jak oni znów będą zajmować najwyższe miejsce. Snake odpowiada, że on nie chce takiego świata, na co Liquid nazywa go kłamcą. Po co zatem Snake wciąż wykonuje rozkazy tych, którzy go zdradzili?
- Ty po prostu lubisz zabijać, oto dlaczego. Czyż nie tak? Czyż nie zabiłeś większości moich towarzyszy? Widziałem twoją twarz gdy to robiłeś. Widziałem, jak wypełnia cię radość płynąca z walki - mówi Liquid.
- Mylisz się!
- Wewnątrz ciebie żyje morderca, nie musisz temu zaprzeczać. W taki sposób zostaliśmy stworzeni.
Liquid opowiada Snake'owi o Les Enfantes Terribles, projekcie zapoczątkowanym w latach '70. Jego celem było stworzenie najdoskonalszych żołnierzy świata. Osobą, której geny tworzyły bazę dla projektu, był Big Boss. Korzystając z metody sztucznego zapłodnienia i klonowania, stworzono osiem zarodków. Sześć z nich poddano aborcji, by dwa najsilniejsze mogły się rozwijać w jak najlepszy sposób. W dodatku zarodek Liquida otrzymał wszystkie geny recesywne, a Solid dostał geny dominujące. Jednak to nie wszystko. Dzieci Big Bossa jest znacznie więcej. Całemu oddziałowi Next-Generation Special Forces wszczepiono jego geny, które czynią z nich wybitnych żołnierzy. Jednak mimo wszystko projekt ten okazał się porażką. Jako przykład Liquid podaje teorię asymetryczności. Wszystkie gatunki żywych organizmów, które przejawiały w sobie jakieś oznaki symetrii, wyginęły. Tak samo będzie z Solidem i Liquidem, oraz wszystkimi tak zwanymi Genome Soldiers. Żeby temu zapobiec, Liquid potrzebuje genów Big Bossa.
Snake zauważa leżącą nieopodal Meryl. Liquid mówi Snake'owi, że dziewczyna wciąż go wołała. Jest zawiedziony, że zakochała się w kimś, kto nawet nie ma imienia. Snake mówi, że ma imię, na co Liquid odpowiada, że nie ma nic. Ani imienia, ani przeszłości, ani przyszłości. Obaj są jedynie kopiami Big Bossa. W momencie, gdy rozmawiają, Pentagon prawdopodobnie podjął już decyzję co zrobić całą tą sprawą. Snake kontaktuje się z Campbellem i okazuje się, że w ich stronę lecą bombowce, które przy pomocy ładunków nuklearnych mają zrównać bazę ziemią. Pułkownik jednak obiecuje, że postara się jak najbardziej opóźnić wykonanie rozkazu, by dać Snake'owi szansę na ucieczkę. Okazuje się również, że Meryl została wysłana na teren bazy po to, by Pentagon mógł manipulować Campbellem. W zamian za jej życie, miał z nimi współpracować. Rozmowa zostaje nagle przerwana przez Jima Housemana, sekretarza obrony. Oznajmia, że Campbell zostaje aresztowany. Snake pyta się w jaki sposób Houseman ma zamiar wytłumaczyć się opinii publicznej z wybuchu nuklearnego na środku Alaski, jednak ten ma już przygotowaną "oficjalną" wersje wydarzeń. Powie, że to sprawka terrorystów. Houseman sugeruje, że może nie dojść do ataku, jeśli Snake przekaże im dane dotyczące Metal Geara, które otrzymał od Bakera. Snake odpowiada, że ich nie ma. Zabrano mu je w czasie przesłuchiwania.
